Génotypage des Papillomavirus humains dans les maladies rares

par Lucie Molet

Projet de thèse en Immunologie

Sous la direction de Françoise Bachelerie et de Claire Deback.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Innovation thérapeutique : du fondamental à l'appliqué , en partenariat avec Cytokines, chimiokines et immunopathology (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 03-11-2014 .


  • Résumé

    Les patients atteints du syndrome d'immunodéficience primaire « WHIM » (Verrues « Warts », Hypogammaglobulinémie, Infections, Myelokathexis) présentent une susceptibilité accrue aux infections par des papillomavirus humains (HPV) de la peau et des muqueuses qui peuvent évoluer en cancer. L'objectif de ce travail de thèse est de développer une technique de typage des HPV par séquençage haut débit sur plateforme MiSeq Illumina® après capture sans a priori. Nous envisageons d'appliquer cette technologie à l'identification des HPV impliqués dans les papillomatoses des patients WHIM, puis de l'étendre à l'identification des HPV de génotype indéterminé par des méthodes conventionnelles, issus de prélèvements anaux et cervicaux. Enfin, nous proposons d'étudier par une approche de métagénomique fonctionnelle la répartition des HPV présents dans les lésions cutanées par comparaison à ceux présents sur les surfaces adjacentes saines, dans le syndrome WHIM mais aussi dans d'autres syndromes d'immunodépression : patients immunodéprimés par le VIH ou porteur d'un déficit pour le gène GATA2 associé à des syndromes d'immunodéficience proches du syndrome WHIM.

  • Titre traduit

    HPV genotyping in rare dysimmune diseases


  • Résumé

    The syndrome of Warts, Hypogammaglobulinemia, Infections, and Myelokathexis (WHIM) is a rare inherited immunodeficiency disease characterized by high susceptibility to human papillomavirus (HPV) infections and development of related cancer. The main objective of this thesis is to develop novel HPV genotyping method based on unbiased gene capture followed by next generation sequencing on MiSeq Illumina® platform. We propose to apply our technology to identify the genotype of HPV associated with papillomatosis described in WHIM patients, and as a next step to characterize HPV types that remained undetermined by using conventional methods in anal or cervical samples. Finally, we will conduct a metagenomic study to the HPV types distribution in different human body sites, by comparing HPV types present in lesions to those on adjacent healthy skin, in WHIM patients as well as in other immunodeficiency syndromes such as HIV-infected patients or in patients with mutations in gene GATA2 associated with a primary immunodeficiency linked to WHIM syndrome.