Etude des polymorphismes altérant la régulation de l'expression des gènes chez le bovin.

par Gabriel Guillocheau

Projet de thèse en Sciences agronomiques

Sous la direction de Dominique Rocha.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (Paris ; 2015-....) , en partenariat avec GABI - Génétique animale et Biologie intégrative UMR1313 (laboratoire) , Génétique et Génomique Bovines (G2B) (equipe de recherche) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-11-2015 .


  • Résumé

    Un nombre croissant de gènes et régions génomiques sont associés à des pathologies ou desphénotypes d'intérêt, soit par analyse de liaison ou analyse d'association. Cependant, à cause de l'étendue du déséquilibre de liaison, ces régions souvent abritent des milliers de polymorphismes et il reste difficile d'identifier les variants génétiques causaux. Plus récemment, des études pan-génomiques des niveaux d'expression des gènes ont montré que des différences allèles-spécifiques de l'expression des gènes sont fréquentes et qu'une partie de ces différences sont dues à des variations génétiques dans les régions régulatrices. Les régulateurs ayant l'effet le plus important sont le plus souvent des polymorphismes régulateurs exerçant un effet en cis, près des gènes pour lesquels le niveau d'expression est altéré. L'apparition de nouvelles technologies de séquençage offre maintenant de nouvelles opportunités pour identifier les polymorphismes régulateurs, avec la possibilité de séquencer des génomes et transcriptomes complets de mammifères. Au cours du projet de thèse, nous voulons développer une approche pour identifier et valider à grande échelle les polymorphismes chez la vache qui potentiellement altèrent la régulation de l'expression des gènes et affectent des phénotypes d'intérêt.

  • Titre traduit

    Study of polymorphisms modifying gene expression regulation in cattle.


  • Résumé

    An increasing number of genes and genomic loci have been associated with diseases or phenotypes of interest, by either linkage or association studies. However, because of the extent of linkage disequilibrium, these regions often reveal linkage to a genomic region containing several thousands of polymorphisms and it remains difficult to distinguish the real causative genetic variant from correlated markers. More recently, genome-wide linkage mapping of gene expression levels have demonstrated that allele-specific differences in gene expression are common and that a portion of the differences can be attributed to genetic variation in non-coding regulatory regions. The regulators with the strongest effect tend to be cis-acting regulatory polymorphisms, close to genes for which altered mRNA expression was detected. The advent of novel sequencing technologies offers now new opportunities for the identification of regulatory polymorphisms, with the ability to sequence complete mammalian genomes and transcriptomes. With the proposed research project, we would like to develop a large-scale approach to identify and validate regulatory polymorphisms that potentially alter the regulation of gene expression and impact phenotypes of interest, in cattle.