Fondement structural de la transcription : le backtracking de l'ARN polymérase et sa réactivation
Auteur / Autrice : | Moamen Abdelkareem |
Direction : | Albert Weixlbaumer |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biophysique et biologie structurale |
Date : | Soutenance le 14/10/2019 |
Etablissement(s) : | Strasbourg |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) |
Jury : | Président / Présidente : Patrick Schultz |
Examinateurs / Examinatrices : Albert Weixlbaumer, Patrick Schultz, Emmanuelle Schmitt, Terence Strick | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuelle Schmitt, Terence Strick |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Ma thèse se focalise sur la compréhension d’un phénomène de transcription, appelé backtracking, qui inactive la RNAP et arrête la transcription. La réactivation des complexes RNAP arrêtés et la reprise de la transcription nécessitent un facteur protéique appelé GreB. L’objectif du projet était d’obtenir des informations structurelles sur: i) la façon dont le retour en arrière inactive la RNAP dans E. coli; et ii) comment GreB sauve la RNAP en marche arrière pour continuer la transcription. À l'aide de SP cryo-EM, j’ai capturé quatre instantanés de RNAP dans différents états. Mes résultats montrent que l'ARN n'est plus aligné avec le site actif. De plus, suite à un retour en arrière, la RNAP adopte de nouvelles modifications de conformation permettant la liaison de GreB. En conséquence, le NTD de GreB entre en contact le site actif de la RNAP et donne des résidus acides qui augmentent l'affinité pour un ion magnésium, ce qui est nécessaire pour la catalyse du clivage de l'ARN mal aligné. Ces quatre reconstructions donnent un aperçu du mécanisme catalytique et de la dynamique du clivage et de l'extension de l'ARN.