Etude des N-déacétylases de Clostridium difficile

par Héloïse Coullon

Projet de thèse en Microbiologie

Sous la direction de Thomas Candela.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Innovation thérapeutique : du fondamental à l'appliqué , en partenariat avec Bactéries pathogènes et Santé (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2015 .


  • Résumé

    Clostridium difficile est une bactérie anaérobie sporulante responsable de 15 à 25% des diarrhées post-antibiotiques et de 95% des colites pseudomembraneuses. Le peptidoglycane de C. difficile est largement déacétylé sur la glucosamine (93% des muropeptides). L'analyse du génome de C. difficile montre que 13 gènes codent pour des N-déacétylases potentielles. Les N-déacétylases sont largement distribuées parmi les bactéries à Gram positif et sont impliquées dans différentes fonctions de surface incluant la maturation du peptidoglycane, la modification des polysaccharides associés au peptidoglycane de façon covalente et la synthèse du peptidoglycane de la spore. Chez les bactéries pathogènes, ces enzymes ont un rôle dans la virulence en permettant aux bactéries d'échapper aux défenses immunitaires innées de l'hôte. Ce projet a pour but de comprendre le rôle de chacune des N-déacétylases de C. difficile, que ce soit dans la maturation du peptidoglycane, la modification des polysaccharides de surface ou la synthèse du cortex de la spore, ainsi que leur rôle dans la virulence. La N-déacétylase, dont le mutant sera le plus affecté dans la virulence de C. difficile, sera choisie afin de trouver des inhibiteurs de son activité N-déacétylase à l'aide d'un criblage moléculaire haut débit. Afin d'apporter les bases nécessaires à la mise au point rationnelle de nouveaux inhibiteurs spécifiques de C. difficile, cette approche sera complétée par une étude structurale par cristallographie.

  • Titre traduit

    A study of the N-deacetylases of Clostridium difficile


  • Résumé

    Clostridium difficile is an anaerobic and spore-forming bacteria responsible for 15 to 25% of post-antibiotic diarrhea and 95%of pseudomembranous colitis. C. difficile peptidoglycan is largely deacetylated on its glucosamine (93% of muropeptides). C. difficile genome analysis showed that 13 genes potentially encode N-deacetylases. N-deacetylases are largely distributed among Gram positive bacteria and are involved in many surface processes including peptidoglycan maturation, peptidoglycan associated polysaccharide modifications and spore peptidoglycan synthesis. In pathogenic bacteria, these enzymes are involved in virulence allowing bacteria to escape of host innate immune responses. This project aims to understand the role of any of the C. difficile N-deacetylases, whether it be on peptidoglycan maturation, surface polysaccharide modifications or spore cortex synthesis, as well as their role in virulence. The N-deacetylase whose corresponding mutant will be the more affected in C. difficile virulence, will be chosen in order to find inhibitors targeting its activity, using high throughput molecular screening. In order to bring the necessary bases to the rational set up of new specific inhibitors, this last approach will be completed by a structural study using crystallography.