Impact des facteurs environnementaux et du style de vie sur l'identification de « nouveaux » gènes de prédisposition au cancer du sein et contribution des interactions génétiques dans le risque de cancer du sein chez les porteurs de mutations dans les gènes BRCA1 et BRCA2.

par Juliette Coignard

Projet de thèse en Santé publique - épidémiologie

Sous la direction de Nadine Andrieu et de Antonis Antoniou.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Santé Publique (Le Kremlin-Bicêtre, Val-de-Marne ; 2015-...) , en partenariat avec Cancer et Génome: Bioinformatique, Biostatistiques et Epidémiologie d'un système complexe (laboratoire) , Epidémiologie Génétique des Cancers (equipe de recherche) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2015 .


  • Résumé

    L'objectif de la thèse est de caractériser de « nouveaux » facteurs de risque du cancer du sein (CS) dans les populations à haut risque en utilisant différentes approches. La première partie du projet a pour but d'étudier de nouvelles stratégies d'analyses permettant d'optimiser l'identification et la caractérisation des gènes de prédisposition au cancer du sein (CS) en intégrant simultanément des facteurs “environnementaux” et de style de vie. Ces stratégies seront utilisées pour analyser les données collectées dans l'étude GENESIS (GENE SISter). GENESIS est une étude de type familiale et cas-témoin impliquant les consultations de génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) d'Unicancer. Le génotypage des 5 000 individus de GENESIS pour les 200 000 SNPs ciblés par la puce iCOGS a été effectué. Les facteurs environnementaux et de style de vie seront analysés en utilisant des tests d'association classiques (analyse individuelle des SNPs ou de gènes candidats) mais aussi en utilisant des méthodes « innovantes »  comme les approches récentes basées sur l'analyse des réseaux de gènes et des profils d'exposition (e.g. extended profile régression  proposé par Molitor et coll.) intégrant de façon simultanée les données génétiques et environnementales et de style de vie. Le deuxième objectif du projet visera à optimiser la caractérisation des gènes BRCA1/2 en étudiant leurs interactions avec les SNPs modificateurs. Ces interactions seront étudiées en utilisant les données des consortia international CIMBA (Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2) et BCAC (Breast Cancer Association Consortium) qui comptent des cas et des témoins porteurs et non-porteurs d'une mutation dans BRCA1 ou BRCA2 (> 140 000 individus) pour lesquels des données de génotypage pour plus de 600,000 SNPs sont disponibles. L'identification de nouveaux gènes de prédisposition au CS et une meilleure estimation des risques associés aux gènes BRCA1/2 permettront une amélioration de la prise en charge des femmes à risque.

  • Titre traduit

    Impact of environmental and lifestyle factors on the identification of “new” breast cancer susceptibility genes and contribution of genetic interactions in the breast cancer risk of BRCA1 and BRCA2 mutation carriers.


  • Résumé

    This project aims to study novel strategies of analyses to optimize the identification and the characterization of breast cancer (BC) susceptibility genes by integrating simultaneously environmental and lifestyle factors. These strategies will be used to analyse the data collected in the GENESIS (GENE SISter) study which is a national case-control and family study involving all the clinical genetics centres of the Groupe Génétique et Cancer of Unicancer. Genotyping for the 200,000 SNPs targeted by the Illumina iCOGS chip is now completed. The environmental and lifestyle factors will be studied “classically” but also using “innovative” methods as the extended profile regression. The integration of the environmental and lifestyle data simultaneously in the genotypes analyses will first concern “standard” GWAS approaches (focussed on single SNP- analysis) and then, recently proposed gene pathway-based approaches. In a second phase, the project will aim to optimize the characterization of the BRCA1/2 genes by assessing their interaction with known or still unknown “modifier” SNPs. These interactions will be studied using the data of the international Consortia CIMBA (Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2) and BCAC (Breast Cancer Association Consortium). The identification of new BC susceptibility genes and a better characterization of the BRCA1/2 genes will have implications for the management of women at risk.