Barcoding et bioindication : vers le biomonitoring moléculaire des diatomées

par Valentin Vasselon

Projet de thèse en Biodiversité, écologie, environnement

Sous la direction de Agnès Bouchez et de Isabelle Domaizon.

Thèses en préparation à Grenoble Alpes , dans le cadre de École doctorale sciences et ingénierie des systèmes, de l'environnement et des organisations (Chambéry) , en partenariat avec Centre Alpin de Recherche sur les réseaux Trophiques des Ecosystèmes Limniques (laboratoire) depuis le 01-06-2015 .


  • Résumé

    Le projet porte sur le développement d'outils innovants de bioindication des écosystèmes aquatiques basés sur les diatomées et sur les nouvelles techniques de séquençage à haut-débit. L'objectif sera d'appliquer ces outils à la bioindication de la qualité des cours d'eau de Mayotte. Il s'agit de développer des outils moléculaires pour l'identification des diatomées afin d'améliorer l'utilisation de ces microorganismes comme bioindicateurs de la qualité des eaux. Ce travail s'inscrit dans le cadre général de l'application de la DCE (Directive Cadre européenne sur l'Eau) à Mayotte et répond à une demande de l'ONEMA (Office National des Eaux et des milieux aquatiques). D'un point de vue scientifique, il permet de prolonger et d'approfondir le travail de thèse de L. Kermarrec (CIFRE entre 2009 et 2012 entre Asconit Consultants et l'INRA de Thonon). Cette thèse a permis de valider la possibilité de reconnaître les espèces de diatomées présentes dans un échantillon environnemental par les approches moléculaires de barcoding associées aux méthodes de séquençage NGS (Next-Generation Sequencing). Cependant, les indices de bioindication étant basés sur des inventaires d'espèces quantifiés, il est nécessaire que les inventaires moléculaires permettent une quantification fiable des taxons bioindicateurs présents dans un échantillon pour conduire à une note de qualité elle aussi fiable. Les biais de quantification liés aux approches moléculaires seront évalués et cette approche sera optimisée pour conduire à un outil innovant de biomonitoring moléculaire adapté à la surveillance des cours d'eau de Mayotte et adaptable plus largement dans le contexte du biomonitoring.

  • Titre traduit

    Barcoding and Biomonitoring : Assesment of stream water quality using benthic diatom metabarcoding


  • Résumé

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