Rôle de la terminaison de la transcription Rho-dépendante dans la régulation de l'expression génique chez Bacillus subtilis

Role of Rho-dependent transcription termination in the regulation of gene expression in Bacillus subtilis

• Auteur / Autrice : Aleksandra Grylak-Mielnicka
• Direction : Elena Bidnenko, Jacek Bardowski
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Date : Soutenance le 27/09/2016
• Etablissement(s) : Université Paris-Saclay (ComUE) en cotutelle avec Polish academy of sciences. Institute of biochemistry and biophysics. department of microbial biochemistry (Varsovie, Pologne)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé humaine (Jouy-en-Josas)
• Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Paris-Sud (1970-2019)
• Jury : Président / Présidente : Philippe Bouloc
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Elena Bidnenko, Jacek Bardowski, Philippe Bouloc, Krystyna Wolska, Izabela Święcicka
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Krystyna Wolska, Izabela Święcicka

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bacillus subtilis

Biochimie

Biologie moléculaire

Mots clés libres

Rho

Terminaison de la transcription

Bacillus subtilis

Transcriptome

Protéome

Rho

Transcription termination

Bacillus subtilis

Transcriptome

Proteome

Résumé

La transcription bactérienne est un processus dans lequel l'information codée dans l'ADN est transféré à l'ARN messager (ARNm). Au cours de la dernière étape de ce procédé, la terminaison de la transcription, l'ARNm est libéré et peut être utilisé pour la synthèse des protéines. Un type de terminaison de la transcription décrit chez les bactéries est la terminaison Rho-dépendante. Le rôle de Rho a été largement étudié dans le modèle à Gram négatif bactérie, Escherichia coli dans laquelle Rho est une protéine essentiel est abondant. En revanche, la connaissance de Rho chez les bactéries qui il ne sont pas essentiels et est présent en faibles quantités: par exemple Gram-positif Bacillus subtilis reste limité..Pour étudier le rôle de Rho dans le contrôle de l'expression des gènes chez B. subtilis plusieurs analyses à grande échelle ont été réalisées, y compris des tests d'interactions physiques et fonctionnelles et une analyse globale des changements observés dans l'expression des gènes en corrélation avec la production de protéines.En effet, un ensemble des Rho-spécifiques interactions physiques et fonctionnelles ont été établies. En outre, de nouveaux phénotypes de mutant dépourvu de rho ont été décrits ce qui élucider le rôle de Rho dans le contrôle des différents aspects de la physiologie cellulaire.

Bacterial transcription is a process in which the information encoded in DNA is transferred to messenger RNA (mRNA). During the final step of this process, transcription termination, mRNA is released and can be used for protein synthesis. One type of transcription termination described in bacteria is Rho-dependent termination. The role of Rho has been widely investigated in model Gram-negative bacterium, Escherichia coli in which Rho is essential an abundant protein. In contrast, the knowledge about Rho inbacteria in which it is not essential and is present in low amounts, i. e. Gram-positive Bacillus subtilis remains limited.To investigate the role of Rho in control of gene expression in B. subtilis several large-scale analysis were performed. In effect, a set of Rho-specific physical and functional interactions were established. Additionally, new phenotypes of rho-null mutant were described unraveling the role of Rho in control of different aspects of cell physiology.