L’utilisation de la technique d’amplification de Treponema pallidum dans le diagnostic des ulcères oro-génitaux liés à la syphilis

Clinical Usefulness of Polymerase Chain Reaction Targeting Treponema pallidum in the Diagnosis of Primary Syphilis Ulcers

• Auteur / Autrice : Angèle Gayet-Ageron
• Direction : Thomas Perneger
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé Publique - Recherche Clinique
• Date : Soutenance le 11/02/2015
• Etablissement(s) : Paris 11
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé publique (Paris ; 2000-2015)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Service d’Epidémiologie Clinique (Genève, Suisse) - Service d'épidémiologie clinique
• Jury : Président / Présidente : Joël Coste
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Thomas Perneger, Joël Coste, Bernard Burnand, Geneviève Chêne, Nicolas Dupin, Laurence Meyer, Philippe Vanhems
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Bernard Burnand, Geneviève Chêne

Mots clés

Mots clés contrôlés

Méta-analyse

Infections sexuellement transmissibles -- Diagnostic

Amplification génique

Syphilis

Mots clés libres

Syphilis

Treponema pallidum

Technique d’amplification génique

Performance diagnostique

Utilité clinique

Revue systématique

Méta-analyse de tests diagnostiques

Sensibilité

Spécificité

Rapport de vraisemblance positif

Rapport de vraisemblance négatif

Valeur prédictive positive

Valeur prédictive négative

Gène tpp47

ADN polymerase I

Syphilis

Treponema pallidum

Polymerase Chain Reaction

Diagnostic performance

Clinical usefulness

Systematic review

Meta-analysis on diagnostic test accuracy

Sensitivity

Specificity

Positive likelihood ratio

Negative likelihood ratio

Positive predictive value

Negative predictive value

Tpp47 gene

Polymerase I, DNA

Accuracy

Résumé

CONTEXTE La syphilis est une maladie ré-émergente depuis 2000. Son traitement est simple, mais son diagnostic est complexe. La technique d’amplification génique de Treponema pallidum (Tp-PCR) existe depuis 1990 mais le CDC l’a incluse dans sa définition de cas en janvier 2014. OBJECTIFS 1) Evaluer la performance diagnostique de la Tp-PCR à différents stades cliniques et milieux biologiques. 2) Mesurer la sensibilité, spécificité et les valeurs prédictives de la Tp-PCR en fonction de 3 groupes de référence dans des ulcères récents. 3) Comparer les performances des 2 principales cibles de Tp-PCR.MATÉRIEL ET MÉTHODES Premièrement, une revue systématique et méta-analyse des études publiées depuis 1990 ont été menées. Ensuite une étude multicentrique prospective a été conduite dans 5 villes européennes pendant 2 ans chez des patients avec un ulcère oro-génital. Tous ont reçu le test de référence local et 2 Tp-PCRs dans l’ulcère (gène tpp47 vs. polA). Les valeurs de sensibilité, spécificité et valeurs prédictives de la Tp-PCR ont été calculées comparativement au fond noir (FN), à la sérologie et à un gold standard amélioré. La concordance des 2 cibles a été évaluée par un coefficient kappa.RÉSULTATS PRINCIPAUX La méta-analyse conclut que la Tp-PCR a une meilleure performance dans les ulcères récents. L’étude clinique montre que la Tp-PCR décrit une meilleure performance comparativement au gold standard amélioré et a même une meilleure sensibilité que le FN. Les 2 cibles ont la même valeur diagnostique et une concordance quasi parfaite. CONCLUSIONS La Tp-PCR ciblant tpp47 ou polA est cliniquement utile pour diagnostiquer une syphilis primaire et pourrait même remplacer le FN sous certaines conditions.

BACKGROUND Syphilis has re-emerged in at-risk populations since 2000. Although the treatment of syphilis is simple, its diagnosis remains challenging. Treponema pallidum Polymerase Chain Reaction (Tp-PCR) has been used in the diagnosis of syphilis since 1990 but it is included in the case definition of the CDC since January 2014. OBJECTIVES 1) To assess the accuracy of Tp-PCR in various biological specimens and syphilis stages. 2) To measure its diagnostic performance (sensitivity, specificity and predictive values) in ulcers from early syphilis compared to three groups of reference. 3) To compare the accuracy of the two most currently used targets: tpp47 and polA genes.METHODS We conducted a systematic review and meta-analysis of all studies published from 1990. We implemented a multicentre, prospective, observational study in 5 European cities between 09/2011 and 09/2013 among patients with an oral or genital ulcer suggestive of syphilis. All patients were tested with traditional reference tests plus 2 Tp-PCRs (tpp47 and polA). We estimated the sensitivity, specificity and predictive values of Tp-PCR compared to darkfield microscopy (DFM), serology and an enhanced gold standard. We used the kappa coefficient to assess the agreement between the 2 targets.MAIN RESULTST p-PCR had the best accuracy in ulcers from early syphilis. Tp-PCR performed better when compared to the enhanced gold standard and had a higher sensitivity than DFM. The 2 Tp-PCRs had a similar accuracy and an almost perfect agreement.CONCLUSIONS Tp-PCR targeting either tpp47 or polA is clinically useful to confirm an early syphilis in smears and could even replace DFM under specific conditions.