Recherche Avancée

Thèse soutenue

Cartographie intégrée du génome humain et recherche des gènes impliqués dans les cancers associés aux radiations

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Auteur / Autrice : Claude Chelala
Direction : Charles Auffray, Rima Zoorob
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Radiobiologie
Date : Soutenance en 2002
Etablissement(s) : Paris 11
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté de médecine (Le Kremlin-Bicêtre, Val-de-Marne)
Jury : Président / Présidente : Jean-Marc Cosset
Examinateurs / Examinatrices : Rima Zoorob, Jean-Marc Cosset, Giorgio Bernardi, Simone Bénazeth, Philippe Dessen, Malika Smaïl-Tabbone
Rapporteurs / Rapporteuses : Giorgio Bernardi, Simone Bénazeth

Résumé

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Les données de cartographie génomique sont utilisées pour rechercher les cibles critiques (zones d'instabilité) des différents chromosomes qui sont plus sensibles que d'autres aux radiations. Nous nous sommes intéressés à la région p13 du chromosome 1 qui s'avère être parmi les régions chromosomiques les plus endommagées après radiothérapie. Nous avons établi une nouvelle carte génique détaillée de la région 1 p13, plus précisément de la sous-région p13. 1. Elle intègre l'ensemble des données génomiques et de l'Index2 de Genexpress et localise 21 gènes (10 déjà répertoriés et 11 nouveaux ou GENX) à examiner en relation avec les maladies et/ou les cancers associés à cette région. Cette étude nous a permis de remarquer des régions "floues" contenant des zones d'incohérences entre les cartes génomiques en ce qui concerne l'ordre et les distances. Disposant de sa séquence nucléotidique, nous avons analysé le chromosome 22 pour tenter de caractériser ces régions floues. Une intégration des données des cartes génétiques et des hybrides radio-induits G3 avec la séquence nous a permis de comparer l'ordre des marqueurs et les distances exprimées en centiMorgan (cM), et centiRay (cR) avec celles exprimées en kilobase (kb). Nous avons délimité les régions "floues" les plus touchées par les radiations (grande distance en cR pour une faible distance en kb) ainsi que les régions présentant une grande fréquence de recombinaison (grande distance en cM pour une faible distance en kb). Ces régions sont caractérisées en intégrant les données des cartes cytogénétiques, géniques et de pathologies. Nos résultats indiquent que la distribution des gènes associés aux pathologies et/ou aux cancers n'est pas aléatoire : elle est biaisée en faveur des régions où sont concentrés des événements de recombinaison sur la carte génétique femelle et des événements de cassures induites par les radiations sur la carte des hybrides radio-induits G3. Le même travail d'intégration de données de cartographie est en cours pour le chromosome 1. Nous avons détecté les régions "floues" sur les bras 1p et 1q. L'étude se poursuit par l'analyse des gènes présents dans ces régions potentielles d'instabilité et des pathologies localisées à ces endroits avec l'application Xmap_AUTO. Nos résultats suggèrent que l'examen prioritaire des gènes localisés dans les zones "floues" permettrait d'accélérer l'identification des gènes associés à des pathologies, notamment les cancers induits par les radiations. Ils justifient d'étendre la détection des zones "floues" à l'ensemble du génome humain.