Structures des sites b natif et mute du vih-1 : etude d'un nouveau mode de reconnaissance adn/proteine

• Auteur / Autrice : Carine Tisné
• Direction : Muriel Delepierre
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1998
• Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

Les structures cristallographiques des differents complexes adn/nf-b ont fait apparaitre un nouveau mode de fixation a l'adn par l'intermediaire de dix longues boucles qui s'organisent autour de l'adn et realisent de nombreux contacts avec la chaine phosphodiester. Deux de ces boucles (les plus longues) realisent des liaisons hydrogene dans le grand sillon de l'adn. La reconnaissance par des boucles etant nouvelle, il etait interessant d'essayer de degager le role de l'adn dans l'interaction adn/nf-b. Ainsi, nous avons etudie, par rmn et modelisation moleculaire, la structure en solution de deux duplex de 16 paires de bases relatifs aux sites b du vih-1. Dans les deux cas, les donnees rmn ont mis en evidence un comportement dynamique des duplex que nous avons identifie comme un mouvement des brins phosphodiesters. Le duplex natif contenant les dix paires de bases du site b est en equilibre entre deux conformations extremes dont l'une presente des caracteristiques particulieres : toutes les paires de bases sont deplacees dans le grand sillon de l'adn et l'helice est courbee vers le grand sillon, comme observe dans certains complexes cristallographiques adn/nf-b. L'adn mute sur trois paires de bases est egalement en equilibre entre deux conformations, mais la mutation change la flexibilite de la chaine phosphodiester. L'ensemble des paires de bases ne peut plus etre translate vers le grand sillon qui, quelque soit la conformation, est plus profond et moins large que celui de la sequence native. Ces resultats structuraux associes a l'exploration approfondie des proprietes intrinseques de chaque duplex (calcul des potentiels electrostatiques et de l'accessibilite des atomes du grand sillon) nous permettent d'emettre des hypotheses quant a l'absence de fixation de nf-b sur le site mute, et de proposer un mode de reconnaissance specifique des sites b par nf-b. Les sites b attireraient la proteine en presentant, dans le grand sillon, les atomes qui forment des liaisons hydrogene avec nf-b, tres accessibles et avec la bonne polarite. Lorsque les phosphates sont neutralises, cette conformation utile a l'arrimage de nf-b deviendrait energetiquement moins favorable, et l'adn adopterait alors une conformation globale plus canonique, comme celle observee dans les complexes cristallographiques.