Caractéristiques biologiques, écologie spatiale et structure de la population de raies manta de récif (mobula alfredi) de Nouvelle-Calédonie

Biological characteristics, spatial ecology and population structure of the reef manta rays (mobula alfredi) of New Caledonia

• Auteur / Autrice : Hugo Lassauce
• Direction : Laurent Wantiez
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie marine
• Date : Soutenance le 16/11/2021
• Etablissement(s) : Nouvelle Calédonie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale du Pacifique (Faaa)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Unité de Recherche 250 ENTROPIE Ecologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien, Institut de Recherche pour le Développement (IRD Nouvelle-Calédonie)
• Jury : Président / Présidente : Claude-Elisabeth Payri
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Laurent Wantiez, Claude-Elisabeth Payri, Michel Kulbicki, Philippe Lenfant, Lydie Couturier, Éric Vidal
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Michel Kulbicki, Philippe Lenfant

Mots clés

Mots clés contrôlés

Animaux menacés

Nouvelle-Calédonie

Mobula

Mots clés libres

Génomique

Télémétrie satellite

Science participative

Photo-identification

Connectivité

Fidélité

Genomics

Satellite telemetry

Participatory science

Photo-identification

Connectivity

Loyalty

Résumé

Espèce emblématique et néanmoins menacée qui peuple les mers des régions tropicales et subtropicales du monde entier, la raie manta de récif (Mobula alfredi) est bien présente en Nouvelle-Calédonie. La population de l’archipel n’a cependant encore jamais été étudiée et la compréhension de sa biologie, son écologie, sa dynamique des populations et ses mouvements est encore limitée à l’échelle globale. L’acquisition de connaissances de références pourrait jouer un rôle essentiel pour la conservation de l’espèce. Cette thèse tente de décrire la population, sa structure et l’écologie spatiale de raies manta de Nouvelle-Calédonie en utilisant des approches diverses combinant la science participative à la télémétrie satellite et la génomique. Un suivi de cinq ans permettant la collecte de 1741 photo-identifications de raies manta a permis de connaitre les caractéristiques et la distribution de la population, d’estimer son abondance et d’obtenir un premier aperçu de son utilisation de l’espace et des potentielles sources de blessures. L’utilisation de 21 balises satellites a permis d’obtenir des données de déplacements et de comportements de plongées plus. Finalement, le séquençage du génome de 92 échantillons dont 73 provenant de quatre sites en Nouvelle-Calédonie et 19 de deux sites sur la côte Est de l’Australie a permis de révéler l’existence d’une structure génétique à l’échelle régionale et locale. Les résultats présentés dans cette thèse apportent les premières données sur la population de raies manta de récifs en Nouvelle-Calédonie et proposent les mesures et précautions qui devraient être prises pour évaluer et mitiger les possibles perturbations présentes et futures.

Emblematic and threatened species distributed in the tropical and subtropical regions throughout the world, the reef manta ray is also represented in New Caledonia. The population of the archipelago has yet never been studied before and the understanding on the biology, ecology, populations dynamics and movements of the species remain globally limited. The acquisition of a knowledge of reference is essential for the conservation of the species. This thesis aims to describe the population, its structure, and the spatial ecology of reef manta rays of New Caledonia using diverse approaches combining citizen science, satellite telemetry, and genomic. A five-year monitoring allowed the collection of 1741 photo-identifications of manta rays from 11 sites distributed around the archipelago revealing the characteristics and the distribution of the population, an estimation of the abondance and a first insight into its habitat use and the potential source of injuries. The deployment of 21 satellite tags at three study sites recorded detailed data on horizontal movements and the vertical behaviour. Finally, the use of genome-wide single nucleotide polymorphisms (SNPs) discovered from of 92 samples, including 73 from four sites around New Caledonia and 19 from two sites on the east coast of Australia, revealed the existence of genetic structure at regional and local scales. The results presented in this thesis provide the first data on the population of reef manta rays of New Caledonia and suggest precautions and measures that should be considered to evaluate and mitigate the potential present and future disturbances.