Modulation de la susceptibilité des cellules à l'infection par le VIH-1 : effets des IFN-alpha et de la protéine virale Rev

Modulation of cell susceptibility to HIV-1 infection : effects of IFN-α and of the viral protein Rev

• Auteur / Autrice : Alexandra Tauzin
• Direction : Fabrizio Mammano
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie. Virologie
• Date : Soutenance le 29/09/2020
• Etablissement(s) : Université Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité (Paris ; 2014-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Pharmacologie, Toxicologie et Signalisation Cellulaire (Paris ; 2006-2013)
• Jury : Président / Présidente : Rémi Cheynier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Fabrizio Mammano, Rémi Cheynier, Martine Braibant, Caroline Goujon, Andrea Cimarelli
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Martine Braibant, Caroline Goujon

Mots clés

Mots clés contrôlés

Gènes rev

VIH-1 (Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1)

Cellules -- Activation

Interférons alfa

Mots clés libres

Cycle viral

Viral cycle

Résumé

Ce travail a porté sur l’étude de deux mécanismes impliqués dans la modulation de la susceptibilité cellulaire à l’infection par le VIH-1. Premièrement, nous avons étudié l’effet des 12 sous-types d’IFN-α sur l’inhibition de la réplication virale. Nous avons montré que les IFN-α avaient des puissances d’inhibition différentes. Nous avons initialement confirmé que le sous-type 14 est le plus puissant. Nous avons également décortiqué l’effet de chaque IFN-α sur les différentes étapes du cycle viral. Nous avons observé que différentes étapes du cycle sont affectées par les IFN-α et ce de manières différentes selon le sous-type. Ainsi, certains sous-types sont plus puissants sur les étapes précoces alors que d’autres semblent plus efficaces sur les étapes tardives. L’étude du transcriptome induit par les différents sous-types nous suggère que la plus forte inhibition de l’IFN-α14 serait en partie liée à un plus fort niveau d’induction de plusieurs facteurs de restriction. Deuxièmement, nous avons étudié un mécanisme d’interférence induit par le virus lui-même. Nous avions déjà observé que la protéine virale Rev pouvait interférer avec une seconde infection virale. Nous avons observé que tous les domaines fonctionnels de Rev (localisation nucléaire, multimérisation, liaison à l’ARN, export nucléaire) sont nécessaires pour cette interférence. Nous avons ensuite identifié l’étape du cycle viral ciblée par Rev comme étant l’import nucléaire et/ou l’intégration. De même, nous avons montré que certaines souches virales sont résistantes à la restriction médiée par Rev. Les résultats de notre étude suggèrent que la capside virale jouerait un rôle dans ce mécanisme et un ou plusieurs facteurs cellulaires pourraient également être impliqués.

This work focused on the study of two mechanisms involved in the modulation of cellular susceptibility to HIV-1 infection. First, we studied the effect of the 12 IFN-α subtypes on the inhibition of viral replication. We showed that IFN-α have different inhibition potencies. We initially confirmed that subtype 14 is the most potent. We also examined the effect of each IFN-α on the different steps of the viral replication cycle. We observed that different steps are affected to various extent by IFN-α depending on the subtype. Thus, some subtypes are more potent on the early steps while others seem to be more effective on the late steps. The study of the transcriptome induced by the different subtypes suggests that the inhibition potency of IFN-α14 is partly related to a higher level of induction of several restriction factors. Second, we studied an interference mechanism induced by the virus itself. We had already observed that the viral protein Rev could interfere with a second viral infection. We observed that all functional domains of Rev (nuclear localization, multimerization, RNA binding, nuclear export) are necessary for interference. We then identified the steps of the viral cycle targeted by Rev as nuclear import and/or integration. In addition, we demonstrated that some viral strains are resistant to Rev-mediated restriction. Our results suggest that the viral capsid may be involved in this mechanism and one or several cellular factors could be involved.