Influence of rAAV DNA on its replication, encapsidation and infectivity

by Adrien Savy

Doctoral thesis in Sciences de la vie et de la santé

Under the supervision of Otto-Wilhelm Merten and Lionel Galibert.

defended on 26-10-2016

in Paris Saclay , under the authority of École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne) , in a partnership with Université d'Évry-Val-d'Essonne (établissement opérateur d'inscription) .

Thesis committee President: Sylvain Fisson.

Thesis committee members: Federico Mingozzi.

Examiners: Eduard Ayuso, Monique van Oers.


  • Abstract

    The literature describes several fundamental differences between WT AAV and rAAP properties. WT form obtains an one hundred higher production yield compared to rAAV, with the possibility to obtain only full particles, and most importantly, all the WT AAV particles are infectious, compared to only 1% for the rAAV. These lower values for rAAV, implied to inject up to 1.1015 particles per kilogram of tissue. These quantities induce a non-negligible cost for rAAV based gene therapies, even with the productions techniques improvements or the development of baculoviruses based techniques. It is with these ideas in mind that my PhD works were developed. Trying to understand differences between WT and rAAV, trying to produce WT AAV in baculovirus has bring important knowledges about AAV comportment in baculovirus. Our RNA-Seq results have demonstrated than the WT AAV natural promoters were all active, allowing us to design to genetic constructs in order to improve rAAV quantity and quality. We have also tried to solve the AAV crystal structure, to improve our knowledges about these particles.

  • Alternative Title

    Influence de l'ADN rAAV sur sa réplication, son encapsidation et son infectieusité


  • Abstract

    La littérature décrit des différences fondamentales entre l’AAV2 sauvage et ses pendants recombinants. La forme sauvage serait plus efficiente en terme de production, d’encapsidation et d’infectieusité, allant de facteurs de deux à cents en fonction de la propriété étudiée. A cause de ces différences, la quantité de rAAV nécessaire pour traiter un patient atteint d’une maladie implique une injection systémique estimée à 1.1015 particules par kilogramme de tissue à traiter. C’est dans cette optique que s’inscrivent mes travaux de thèse. Essayer de comprendre qu’elles sont les différences entre l’AAV sauvageet les rAAV qui peuvent engendrer tant de différences en terme d’efficacité. L’étude du comportement du génome de l’AAV2 sauvage dans le système baculovirus/cellules Sf9, a permis de découvrir que la régulation de l’AAV2 sauvage était similaire en baculovirus. Nous avons aussi découvert, grâce à notre analyse transcriptomique que les promoteurs naturels del’AAV2 étaient actifs dans notre système, ce qui nous a permis d’imaginer de nouvelles constructions génétiques afin d’améliorer la quantité et la qualité des particules rAAV. Nous avons aussi réaliser des études structurales sur différentesparticules AAV afin d’améliorer notre connaissance de ces particules.



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Informations

  • Details : 1 vol. (xxxiv-221 p.)
  • Notes : Thèse confidentielle jusqu'au 26 avril 2018
  • Annexes : Bibliogr. p. 195-216.

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