Identification des bases moléculaires et physiopathologiques des syndromes oro-facio-digitaux

Identification of molecular and physiopathologic basis in oral-facial-digital syndromes

• Auteur / Autrice : Ange-Line Bruel
• Direction : Christel Thauvin-Robinet, Laurence Duplomb-Jego, Jean-Baptiste Rivière
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance le 21/09/2016
• Etablissement(s) : Dijon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génétique des Anomalies du Développement (GAD) (Dijon)
• Jury : Président / Présidente : Laurence Faivre
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Tania Attie-Bitach
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Sophie Saunier, Geneviève David

Mots clés

Mots clés contrôlés

Maladies héréditaires

Doigts

Orteils

Nez

Bouche

Mots clés libres

Syndromes oro-facio-digitaux

Séquençage haut-débit

Ciliopathies

Génétique

Oral-facial-digital syndromes

Whole-exome sequencing

Ciliopathy

Genetics

Résumé

Les syndromes oro-facio-digitaux (OFD) sont caractérisés par la présence d'une atteinte orale, faciale et digitale et classés en 13 sous-types. Pendant longtemps seul le gène OFD1, responsable du type I et codant pour une protéine centrosomale et du corps basal, était principalement connu, faisant suspecter l’implication du cil primaire dans les syndromes OFD. Des mutations ont été rapportées plus récemment dans les gènes TMEM216, DDX59, SCLT1, TBC1D32 et TCTN3 chez un ou deux patients. Dans le but d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans ces syndromes, nous avons réalisé une stratégie de séquençage haut débit d’exome chez 24 patients. Cette stratégie a permis d’identifier 5 nouveaux gènes (C2CD3, TMEM107, INTU, KIAA0753, IFT57), d'étendre aux syndromes OFD le spectre clinique de 3 gènes déjà connus dans d'autres ciliopathies (C5orf42, TMEM138, TMEM231) et de confirmer l'implication de 3 gènes déjà connus comme responsable de syndrome OFD (OFD1, DDX59, WDPCP). Les analyses fonctionnelles ont montré l’implication de la croissance centriolaire, de la zone de transition et du transport intraflagellaire, avec notamment la caractérisation de 3 complexes protéiques principaux : le complexe ternaire KIAA0753/OFD1/FOPNL, régulant la croissance centriolaire, le complexe MKS (TMEM107, TMEM231, TMEM216) constituant majeur de la zone de transition et le complexe CPLANE (INTU/FUZ/WDPCP), favorisant l’assemblage des protéines périphériques du complexe de transport intraflagellaire IFT-A. En conclusion, cette étude, la plus importante consacrée aux syndromes OFD, démontre la très grande hétérogénéité clinique et génétique de ces syndromes, de même que de nombreux allélismes avec d’autres ciliopathies. Elle étend à 15 le nombre de gènes causaux, rendant la classification clinique initiale totalement obsolète et permettant de considérer les syndromes OFD comme un nouveau sous-groupe de ciliopathies à part entière.

Oral-facial-digital syndromes (OFDS) are characterized by the association of oral, facial and digital anomalies. The different modes of inheritance and additional features lead to clinically delineate 13 subtypes. For a long time, only the OFD1 gene, responsible for OFDI subtype and coding for a centrosomal protein, has been known, suggesting the involvement of the primary cilium in OFDS. Mutations have recently been reported in the TMEM216, DDX59, SCLT1, TBC1D32 and TCTN3 genes in anecdotic cases. To identify new genes involved in OFDS, we performed whole-exome sequencing in 24 patients. In 14/24 cases, we identified 5 novel genes (C2CD3, TMEM107, INTU, KIAA0753, IFT57), enlarged the clinical spectrum of OFDS of 3 known genes responsible for other ciliopathies (C5orf42, TMEM138, TMEM231) and confirmed the involvement of 3 known genes in OFDS (OFD1, DDX59, WDPCP). Functional studies demonstrated the involvement of the centriolar growth, the transition zone and the intraflagellar transport, through the characterization of 3 major protein complexes: the KIAA0753/OFD1/FOPNL complex controlling the centriole elongation, the MKS module (TMEM107/TMEM231/TMEM216), an essential component of the transition zone, and the CPLANE complex (INTU/FUZ/WDPCP) enabling in the IFT-A assembly. We demonstrated the large clinical and genetic heterogeneity of OFDS, yielding the initial classification in 13 subtypes obsolete, extending the number of 15 causal genes, and confirming OFDS as a new full subgroup of ciliopathies.