Applications de la spectrométrie de masse type MALDI-TOF à la bactériologie et à la distinction de variants génétiques

Applications of MALDI-TOF mass spectrometry to the bacteriology and to the distinction between genetics variants

• Auteur / Autrice : Louardi Moussaoui
• Direction : Gilles Prévost, Philippe Riegel
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Recherche clinique et innovation technologique
• Date : Soutenance le 05/09/2012
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Physiopathologie et médecine translationnelle (Strasbourg)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe André, Alain Lozniewski
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Francis Megraud, Gilbert Greub

Mots clés

Mots clés contrôlés

Techniques de typage bactérien

Dissertations universitaires

Spectrométrie de masse MALDI

Résistance aux antibiotiques

Épidémiologie moléculaire

Protéomique

Phénotype

Spectrométrie de masse

Classification

Bactéries pathogènes

Mots clés libres

Spectrométrie de masse

MALDI-TOF

Bactériologie

Hémocultures

Typage bactérien

Identification bactérienne

Epidémiologie

MALDIBiotyperTM

Microorganismes

Mass spectrometry

MALDI-TOF

Blood cultures

Bacteriology

Bacterial typing

Bacterial identification

Epidemiology

MALDIBiotyperTM

Microorganisms

Résumé

L’objectif de mon travail fut de valider et d’optimiser la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF pour l’identification et la classification d'un ensemble de bactéries pathogènes ou opportunistes chez l’homme, en enrichissant une base de données et en testant la robustesse de la méthode, afin d’obtenir une méthode rapide fixe et fiable d'acquisition de résultats. Les différents résultats obtenus ont permis la validation de la technique comme outil d’identification bactérienne fiable en routine. Elle permet désormais de caractériser les mélanges de deux bactéries voir même la différentiation d’espèces très proches comme les Shigella spp et E. coli. Nous avons montré que la technique sera encore améliorée par un outil supplémentaire de comparaison des souches pour une veille épidémiologique "en temps réel", sans investissement supplémentaire, en permettant plusieurs types d'économie. Elle apporte un gain réel dans la prise en charge du patient et le choix éclairé des antibiotiques testés pour l'antibiogramme. La technique peut aussi constituer un outil alternatif de sérotypage.

The aim of this work was to validate and optimize MALDI-TOF mass spectrometry for the identification and classification of a set of pathogens or opportunistic bacteria, by enriching a database and testing the robustness of the method, in order to obtain a quick and reliable fixed acquisition results. The different results obtained allowed the validation of the technique as a reliable tool for bacterial identification in hospital routine. In addition, we have shown that it can characterize mixtures of two bacteria and differentiate closely related species such as Shigella spp and E. coli. We demonstrate that MALDI-TOF/MS will be further enhanced by an additional tool for comparison of strains for epidemiological monitoring in "real time". The technique can also be an alternative tool for serotyping. MALDI-TOF/MS identification provides a real benefit in terms of patient care and the choice of antibiotics tested for sensitivity, without additional investment, which allows different types of economy.