Contrôle traductionnel de l'épissage

by Baptiste Saudemont

Doctoral thesis in Génétique et biologie moléculaire

Under the supervision of Eric Meyer.

defended on 2011

in Paris 6 .

  • Alternative Title

    Translational control of splicing


  • Abstract not available


  • Abstract

    Le projet de ma thèse se base sur une observation faite sur la distribution de taille des introns issue des données de séquençage du génome de la paramécie. Ces données montrent que les génomes eucaryotes contre-sélectionnent, au cours de l’évolution, les introns "traductibles", c'est-à-dire qui ne créent pas de codons de terminaison précoces (PTC) en cas de rétention dans l’ARN messager. Ainsi, l’évolution semble avoir façonné les introns de telle manière que les ARNm non épissés ne soient pas traductibles. Cette contre-sélection est intrigante puisqu’elle suggère que les introns sont fréquemment traduits, impliquant qu’ils sont significativement retenus dans les ARNm. Des expériences préalables montrent que l’inactivation de UPF1, acteur clé du Nonsense-mediated mRNA Decay (NMD), un mécanisme très conservé de surveillance des ARNm qui cible et dégrade les ARNm contenant des PTC, entraîne une augmentation de 10% à 490% de la fraction des formes non épissées. Ainsi, l’épissage semble être relativement inefficace et les cellules eucaryotes s’en remettraient au NMD, pour produire les profils d’épissage observés. Le sujet de thèse est un approfondissement du rôle du NMD, et plus généralement de la traductibilité des pre-ARNm dans le contrôle des profils d’épissage. J’ai voulu au cours de ma thèse tester plusieurs hypothèses liées à ces premières observations. D’abord, une confirmation du contrôle traductionnel de l’épissage par le NMD devait être faite en inactivant UF2, un autre acteur clé du NMD. Ensuite, j’ai construit un système rapporteur de l’épissage pour mesurer précisément l’effet du NMD et de la "traductibilité" des introns sur les quantités d’isoformes d’ARNm produites Enfin, j’ai préparé des banques transcriptomiques de cellules dépourvues d’activité NMD pour observer le contrôle traductionnel à l’échelle du génome et découvrir l’efficacité et la précision globales de l’épissage. Mes résultats confirment le contrôle traductionnel de l’épissage précédemment observé, et mettent en valeur le caractère inefficace mais surtout imprécis du mécanisme d’épissage. En outre, j’ai pu observer sur quelques introns que la présence d’un codon stop dans leur séquence n’améliore pas leur reconnaissance et leur excision au cours de l’épissage

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Informations

  • Details : 1 vol. ([168] p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 125-137. 193 réf. bibliogr.

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  • Library : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Available on site in the applicant institution
  • Odds : T Paris 6 2011 407
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