Valorisation des données libres en épidémiologie : intérêt des études écologiques dans le domaine des maladies infectieuses

Value of open data in epidemiology : using ecological studies in infectious epidemiology

• Auteur / Autrice : Matthieu Hanf
• Direction : Bernard Carme, Mathieu Nacher
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance le 06/12/2011
• Etablissement(s) : Antilles-Guyane
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale pluridisciplinaire (Pointe-à-Pitre ; 1996-2015)
• Jury : Président / Présidente : Jean-François Guégan
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Bernard Carme, Mathieu Nacher, Jean-François Guégan, Jean-François Trape
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-François Trape

Mots clés

Mots clés contrôlés

Leishmaniose

Maladies infectieuses

Paludisme

Guyane

épidémiologie

Ascaridiase

Mots clés libres

Épidémiologie

Complexité

Étude écologique

Données libres

Epidemiology

Complexity

Ecological study

Open data

Résumé

Les études écologiques sont maintenant considérées comme prometteuses en raison de leur capacité à intégrer dans un même modèle autant des facteurs individuels que populationnels. Le mouvement récent de l’open data pourrait jouer un rôle important dans la pérennisation des démarches multidisciplinaires. Cette thèse montre que l’association des méthodes écologiques aux données publiques permet d’éclairer sous un angle nouveau des problématiques des maladies infectieuses.En Guyane Française, des méthodes écologiques dites de séries temporelles couplées aux données climatiques libres ont contribué à une meilleure compréhension du rôle du climat sur la dynamique de la transmission du paludisme, de la leishmaniose cutanée ainsi que de l’histoplasmose disséminée. L’utilisation de méthodes écologiques sur des données libres de la littérature scientifique concernant la séroprévalence toxoplasmose dans les populations humaines a permis d’identifier les principaux facteurs influençant le niveau de séroprévalence globale et indirectement du risque de toxoplasmose congénital associé. L’association de données onusiennes à des méthodes écologiques a permis de montrer qu’une prévalence importante d’ascaridiose est associée à une réduction par 10 de l’incidence du paludisme et l’impact significatif de la corruption sur la mortalité juvéno-infantile et sur les résistances aux anti-tuberculeux. Ces études montrent que l’association des méthodes écologiques aux données publiques permet d’éclairer sous un angle nouveau des problématiques des maladies infectieuses. Ce type d‘étude fournit la flexibilité nécessaire à l’étude des interactions complexes des nombreux déterminants de la santé.

Ecological studies are now considered promising because of their ability to integrate as well as individual factors than populational ones in the same model. The recent open data movement could play an important role in the sustainability of multidisciplinary approaches. The studies developed in this thesis show that the combination of ecological methods with open data could give original results in the issues of infectious diseases.In French Guiana, ecological methods called time series, coupled with open climate data, have contributed to a better understanding of the role of climate on the dynamics of malaria, cutaneous leishmaniasis and disseminated histoplasmosis. The use of ecological methods with open data from the scientific literature concerning toxoplasmosis seroprevalence in human populations has permitted to identify the main factors influencing the level of overall seroprevalence and indirectly to estimate the associated risk of congenital toxoplasmosis.The combination of UN data to ecological methods has shown that a high prevalence of ascariasis is associated with a reduction from 10 in the incidence of malaria and that corruption has a significant impact on child mortality and resistance to TB.The various studies developed in this thesis show that the combination of ecological methods to public data sheds a new light on the issues of infectious diseases. This type of study provides the flexibility to study the complex interactions of many determinants of health.