Analyse génétique des souches multi-résistantes de Pseudomonas aeruginosa dans l'Est de la France : apport prédictif sur le risque infectieux

• Auteur / Autrice : Pascal Cholley
• Direction : Daniel Talon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Besançon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Homme, environnement, santé (Besançon2000-2012)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Hôpitaux -- Hygiène

Électrophorèse en champ pulsé

Pseudomonas aeruginosa

Résistance multiple aux médicaments

Bactéries

Mots clés libres

Transmission croisée

Souches multi-résistantes

Est de la France

Résumé

Pseudomonas aeruginosa s'est imposé comme un pathogène hospitalier très important du fait du nombre et de la gravité des infections causées. L'objectif de cette thèse était de décrire l'épidémiologie hospitalière de P. Aeruginosa, notamment celle des souches multi-résistantes en utilisant divers outils de biologie moléculaire. La première partie de cette thèse est consacrée à un tour d'horizon bibliographique, la seconde partie décrit les différentes techniques utilisées et la troisième partie rassemble les différents travaux réalisés. Le génotypage par électrophorèse en champ pulsé nous a permis d'évaluer le rôle de l'environnement inerte dans l'épidémiologie de P. Aeruginosa en réanimation puis la transmission croisée comme vecteur de diffusion des souches multi-résistantes aux antibiotiques. Le typage par MultiLocus Sequence Typing d'un large panel de souches multi-résistantes isolées sur l'ensemble de l'inter-région montre qu'il existe des clones épidémiques internationaux qui ont la capacité d'accumuler les mécanismes de résistance et de diffuser dans les hôpitaux. L'hypothèse d'une population panmictique pour cette bactérie est remise en cause pour la sous-population " P. Aeruginosa multi-résistants hospitaliers ". L'épidémiologie molléculaire est indispensable pour caractériser ces souches et définir des stratégies de contrôle. Notre travail suggère que ces stratégies de contrôle doivent associer, à une politique de moindre usage des antibiotiques, une prévention de la transmission croisée associant dépistage et mesures d'hygiène. Le contrôle de la multi-résistance bactérienne représente un défi d'aujourd'hui et de demain pour les différents acteurs de santé.

Pseudomonas aeruginosa has become an important hospital pathogen because of the number and severity of infections. The objective of this thesis was to describe the hospital epidemiology of P. Aeruginosa, including that of multi-resistant strains by using various tools of molecular biology. The first part of this thesis is devoted to an overview of the literature, the second part describes the different techniques used and the third part has different work. Genotyping by PFGE allowed us to evaluate the role of the inert environment in the epidemiology of P. Aeruginosa in adult intensive care units. This technique has also highlighted the role of cross-transmission as a vehicle for dissemination of strains of P. Aeruginosa multi-resistant to antibiotics. The MultiLocus Sequence Typing of a wide range of multi-resistant strains isolated throughout the inter-region has provided important information : there are international epidemic clones that have the capacity to accumulate resistance mechanisms and spread in hospitals. The hypothesis of a panmictic population for this bacterium is being challenged for the sub-population " multidrug-resistant P. Aeruginosa hospital ". Molecular epidemiology is essential to characterize these strains and to define control strategies. Our work suggests that these control strategies should involve at least a policy fo antibiotic use, prevention of cross-transmission involving screening and hygiene measures. Control of multi-resistant bacteria represents a challenge of today and tomorrow for the different health actors.