Macromolecular Docking : applications to the RecA nucleofilament

by Adrien Saladin

Doctoral thesis in Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Under the supervision of Chantal Prévost and Martin Zacharias.

defended on 2009

in Paris 7 .


  • Abstract

    Proteins play a central role in various cellular processes with various interactions with other proteins, DNA, lipids or small ligands. Because the determination of these interactions is fundamental for understanding key biological processes, several experimental methods have been developed to characterize them. Experimental studies can take a long time and an expensive. Computational methods can therefore be of great help to guide future biochemical experiments. Development of docking software is a long process involving cycles of algorithm conception, programming and tests. During my thesis, I developed an object oriented library to help and speed-up development and tests of docking methods. This library was programmed in C++ with Python bindings, and has been used to test new methods applied to protein-DNA docking and multicomponent docking. Programs made with the help of this library are presently used to study the binding of DNA to the RecA complex, responsible of homologous recombination.

  • Alternative Title

    Amarrage macromoléculaire : applications au nucléofilament RecA


  • Abstract

    Les protéines jouent un rôle central dans de nombreux processus cellulaire et peuvent intervenir dans de nombreuses interactions différentes, avec d'autres protéines, de l'ADN, des lipides, ou de petits ligands. La détermination de ces interactions est fondamentale pour pouvoir comprendre des processus biologiques majeurs et de nombreuses méthodes expérimentales ont été développées pour les caractériser. Cependant les méthodes expérimentales sont longues et coûteuses et les méthodes informatisées de prédictions d'interactions pourraient, à terme, fournir dans ce contexte une aide précieuse permettant de guider de futures expériences en biochimie et biologie moléculaire. Le développement logiciels d'amarrage est également un processus difficile mettant en jeu des cycles de conception d'algorithme, d'implémentation et de tests. Au cours de ma thèse, j'ai développé une librairie orientée objet pour favoriser et accélérer les étapes d'implémentation et de tests des méthodes d'amarrage. Cette librairie, programmée en C++ et interfacée avec le langage de script Python, a été utilisée pour mettre au point et tester de nouvelles méthodes appliquées à l'amarrage protéine-ADN et à l'amarrage multi-composants. Des programmes développés à l'aide de cette librairie sont actuellement appliqués à l'étude des modes d'amarrage de l'ADN au complexe RecA, responsable de la recombinaison homologue chez les bactéries.

Consult library

Version is available as a paper

Informations

  • Details : 1 vol. (208 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 206 réf.

Where is this thesis?