Total and active microbial communities in the marine environment : structure in the natural environment, dynamics in the presence of hydrocarbon and isolation of hydrocarbonoclastic bacteria

Communautés microbiennes totales et actives en milieu marin : structure en milieu naturel, dynamique en présence d'hydrocarbures et isolement de bactéries hydrocarbonoclastes

• Auteur / Autrice : Arturo Rodriguez Blanco
• Direction : Jean-François Ghiglione, Daniel Delille
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de l'environnement
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés libres

Communautés microbiennes

Hydrocarbures

Haps

ARNr 16S

Méditerranée

Kerguelen

Résumé

La relation entre la structure des communautés bactériennes et le fonctionnement de l’écosystème dans l’environnement marin est encore mal connue. L’étude de la dynamique de ces communautés en présence hydrocarbures est fondamentale pour comprendre l’impact environnemental des polluants et le développement d’outils pour minimiser ses effets (bioremédiation). Les communautés bactériennes marines en mer Méditerranéen ont été caractérisées dans leur totalité (approche gène ribosomale de l’ARNr 16S) et sa fraction active (ARNr 16S) permettant d’établir une relation entre groupes phylogénétiques actives et des paramètres globaux d’activité. Cette caractérisation, avec notamment l’approche parallèle ADN/ARN 16S, a permis également d’étudier l’effet de la température et de la fertilisation dans la dynamique des communautés bactériennes de la mer Méditerranée et des eaux froides de Kerguelen en présence de contamination par du pétrole brut ou du diesel. Finalement l’utilisation des techniques d’isolement de bactéries a permit d’isoler et caractériser une nouvelle souche bactérienne capable de dégrader des hydrocarbures à haut poids moléculaire