Etude des gastro-entérites virales pédiatriques en Tunisie : suivi épidémiologique et clinique et caractérisation moléculaire des virus entériques isolés des milieux cliniques et environnementaux entre 2003 et 2007

Study of viral pediatric gastro-enteritis in Tunisia : epidemiologic and clinical survey, and molecular characterization of enteric viruses isolated from clinical and environmental samples between 2003 and 2007

• Auteur / Autrice : Khira Sdiri-Loulizi
• Direction : Mahjoub Aouni, Pierre Pothier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Dijon en cotutelle avec Université de Carthage (Tunisie)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Infections à rotavirus

Gastroentérite

Virologie médicale

Rotavirus

Entérite virale

Gastroentérite

Enfants

Résumé

Les gastro-entérites aiguës virales constituent un problème de santé publique mondial avec une morbidité et une mortalité importantes chez le jeune enfant, surtout dans les pays en voie de développement. Cette étude constitue la première investigation virologique, épidémiologique et clinique des cinq principaux virus responsables de gastro-entérites en Tunisie. Nos résultats montrent que les rotavirus du groupe A et les norovirus étaient les plus fréquemment détectés dans respectivement 213 (27%) et 128 (16,2%) cas. Les rotavirus du groupe A, les norovirus et les virus Aichi étaient significativement plus fréquents chez les enfants hospitalisés que chez les externes. Chez les enfants hospitalisés, contrairement à d’autres études, aucune différence significative de la fréquence et de la sévérité de la diarrhée entre les rotavirus et les norovirus n’a été détectée. Le typage moléculaire a montré que les souches prédominantes dans les selles diarrhéiques étaient le rotavirus A de type G3P[8] et le norovirus de type GII. 4, variant Hunter. Une donnée intéressante est que ce variant a été retrouvé chez les enfants tunisiens dès janvier 2003, alors qu’il n’a été détecté pour la première fois qu’en février 2004, en Europe. Dans les prélèvements d’eaux usées, les rotavirus ont été détectés dans 80 (32 %) prélèvements, les norovirus dans 11 (4,4 %), les virus Aichi dans 15 (6 %) et les adénovirus 40/41 dans 1 (0,4 %) seul prélèvement. Une corrélation entre les souches détectées dans les eaux usées et les coquillages et celles retrouvées dans les selles des patients a été démontrée. Ceci suggère qu’il existe une relation entre la contamination hydrique et les diarrhées infantiles.

Viral acute gastroenteritis is a worldwide problem of public health with an important morbidity and mortality in young children, especially in developing countries. This study constitutes the first viral, epidemiological and clinical investigation of the five main viruses responsible for gastroenteritis in Tunisia. Our results show that Group A rotaviruses and noroviruses were the most frequently detected with 213 (27%) and 128 (16. 2%) cases, respectively. Group A rotaviruses, noroviruses and Aichi viruses were significantly more frequent in hospitalized children than in outpatients. In hospitalized children, contrary to other studies, no significant difference was observed between rotavirus and norovirus infections with regard to the incidence and the clinical severity of the disease. The molecular typing showed the predominant strains as rotavirus type G3P[8] and norovirus genotype GGII. 4, variant Hunter. One interesting finding is that this variant was detected in Tunisian children as soon as January 2003, whereas it was described for the first time in Europe in February 2004. In the sewage samples, rotaviruses were detected in 80 (32%) cases, noroviruses in 11 (4. 4%) cases, Aichi viruses in 15 (6%) cases and adenoviruses type 40/41 in 1 (0. 4%) sample. A correlation between the strains detected in the sewage and the shellfish and the strains detected in the human stools has been shown. This suggests the existence of a relation between water contamination and pediatric diarrheas. This study provide very interesting data that permit a better understanding of the molecular and clinical epidemiology of enteric viruses in Tunisia and in Africa for which data are very rare.