Recherche Avancée

Thèse soutenue

Caractérisation de rétrotransposons chez des crustacés décapodes anomoures, les Galathées

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Auteur / Autrice : Yves Terrat
Direction : Dominique Higuet
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Diversité du vivant
Date : Soutenance en 2008
Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

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La grande majorité des connaissances accumulées sur les éléments transposables ne concernent aujourd’hui qu’un faible nombre d’espèces regroupées dans un faible nombre de groupes taxonomiques. Pour prétendre comprendre le fonctionnement global des génomes, il semble important de travailler en dehors des espèces modèles et d’explorer la biodiversité génétique de ces éléments dans le plus grand nombre d’espèces possible. Alors que les crustacés décapodes représentent une part importante de la biodiversité spécifique en milieu marin et occupent des écosystèmes très divers, ils ont été peu étudiés du point de vue des éléments transposables. Les génomes des espèces appartenant à ce groupe ont la particularité de présenter une taille importante. Ils représentent donc un modèle intéressant pour l’étude des éléments transposables, puisque l’abondance de ces derniers est fortement corrélée à la taille des génomes. Au sein des crustacés, nous nous sommes interessés à un groupe particulier de décapodes anomoures, les Galathées, qui colonisent des écosystèmes marins très divers allant des zones intertidales aux sources hydrothermales. Notre objectif était d’examiner le contenu en éléments transposables de ces génomes afin de rechercher des correlations entre ce contenu et certains parametres environnementaux comme la capacité de dispersion ou l’adapation à des écosystèmes donnés. La première étape pour réaliser ce travail était de rechercher la présence de ces éléments dans des génomes non encore étudiés. Notre étude a pour sujet la recherche de rétrotransposons de type Ty1/Copia. Un élément complet nommé GalEa1 a été caracterisé moléculairement et recherché dans toutes les espèces de Galathées. Il constitue le premier rétrotransposon identifié chez des crustacés. Cet élément ainsi que les copies proches trouvées dans les banques de données forment un nouveau clade à la base de la superfamille Ty1/Copia. Ce clade présente l’originalité d’être restreint à des espèces vivant en milieu aquatique, ce qui peut laisser supposer, à priori, que ces éléments ont été transmis horizontalement entre les différentes espèces. Trois autres séquences partielles de rétrotransposons, appartenant à trois catégories différentes (Ty3/Gypsy, Pao/Bel et LINEs) ont également été caracterisées. Si un des éléments (Paoea1) semble être limité aux arthropodes, les deux autres éléments caracterisés (Gyea1 et Babal) appartiennent à des familles qui sont majoritairement présentes dans des espèces aquatiques, comme ce qui est observé pour l’élément GalEa1. Ainsi, les transferts horizontaux d’éléments transposables, jusqu’ici considerés comme des évenements rares, pourraient s’avérer fréquents dans les génomes de ces espèces. Si le mécanisme de transfert reste, comme toujours, difficile à identifier, la répartition de l’élément Gyea1 (Ty3/Gypsy) peut laisser supposer qu’ils s’effectuent par le biais d’espèces de trématodes parasites. L’évolution des génomes en milieu aquatique pourrait donc présenter des caractéristiques originales.