Modèle moléculaire multi-échelles de l'architecture de la chromatine : nouveaux outils, nouvelles perspectives

Multi-scale molecular model of the chromatin architecture : new tools, new perspectives

• Auteur / Autrice : Hua Wong
• Direction : Jean-Marc Victor
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Physique
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Gène de la bêta-globine

Mots clés libres

Chromatine

Nucléosome

Transition chirale

Cinématique inverse

Corps rigides

Modes normaux

Pince magnétique

Animation squelettale

Résumé

Cette thèse présente les résultats obtenus en utilisant des techniques issues de la robotique et de l'animation 3D, comme la cinématique inverse, la dynamique des corps rigides et l'animation squelettale, pour étudier des dynamiques de grande amplitude du nucléosome et de la fibre de chromatine à plusieurs échelles. A la plus petite échelle nous avons étudié le polymorphisme du nucléosome et sa dynamique, dans le cadre de la transition chirale, où, selon les expériences de manipulation de molécules uniques, un nucléosome enroulé à gauche passe à une forme métastable enroulée à droite baptisée "reversome". A une échelle au dessus, nous avons étudié le polymorphisme de la fibre de chromatine de 30nm en nous appuyant sur des résultats de cryo-microscopie et des méthodes de cinématique inverse pour reconstruire des modèles tout-atome de fibres. Finalement, nous avons essayé de construire un modèle 3D d'usine de transcription de la beta-globine en nous basant sur les données de capture de conformation de chromosome ("3C"). Nous avons suposé que cette usine de transcription serait située sur la "Locus Control Region" du gène de la beta-globine.