Interactions faibles entre oligosaccharides par résonance magnétique nucléaire et prédiction de paramètres dynamiques à partir de la structure des protéines

Weak carbonydrate / carbonydrate interactions by nuclear magnetic resonance and prediction of dynamical parameters from protein structures

• Auteur / Autrice : Gabrielle Nodet
• Direction : Geoffrey Bodenhausen
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biophysique moléculaire
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés libres

Spectroscopie RMN [Résonance magnétique nucléaire]

Oligosaccharides

Protéines

Couplage dipolaire résiduel

Vitesse de relaxation

Dynamique intramoléculaire

Résumé

La première partie de ce travail de thèse porte sur l'étude du trisaccharide Lewis X (LeX) par résonance magnétique nucléaire des milieux partiellement orientés. Ce déterminant antigénique est impliqué dans l'adhésion cellulaire par la formation du complexe ternaire LeX-Ca2+-LeX. La mesure de couplages dipolaires résiduels entre 13C et 1H liés par une liaison en fonction de la concentration en saccharide a permis de prouver l'existence de ce complexe de très faible affinité. Des saccharides dérivés chimiquement du LeX ont été étudiés par la même méthode afin d'élucider les mécanismes de cette complexation. La deuxième partie de ce travail porte sur un modèle de prédiction de la dynamique des protéines. Il s'agit d'un modèle de réseau de rotateurs couplés qui, à partir de la structure d'une protéine, donne accès à des paramètres de la dynamique de ces biomolécules.