Etude par fluorescence de l'importance des structures primaires et secondaires de la séquence cTAR et de la protéine NCp7 lors du premier saut de brin de la transcription inverse de VIH-1

Study by fluorescence of the importance of the primary and secondary structures of the cTAR sequence and the NCp7 protein at during the first strand transfer of HIV-1 reverse transcription

• Auteur / Autrice : Hervé Beltz
• Direction : Yves Mély
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biophysique
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Strasbourg 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Spectroscopie de fluorescence

Molécules chaperonnes

Transcription génétique

VIH (virus)

Résumé

La NCp7 est impliquée dans de nombreuses étapes du cycle viral notamment la rétrotranscription. Ceci en fait une cible potentielle pour un traitement anti-HIV. Par son activité chaperonne, elle permet de stimuler le premier saut de brin. Ce dernier consiste en la déstabilisation et l'hybridation des séquences TAR et cTAR du génome viral. C'est à l'aide de séquences cTAR marquées à leurs extrémités 3' et 5' par des chromophores et différentes techniques de spectroscopie de fluorescence et d'absorption que nous avons pu mettre en évidence l'importance des structures primaire et secondaire de la NCp7 et de cTAR dans le premier saut de brin. L'activité déstabilisatrice est fortement dépendante des bulges et de la boucle interne de cTAR. D'autre part, cette activité dépend également de la présence du Trp37 ainsi que de la présence des deux doigts de zinc de la NCp7 dans leur conformation native. Ensuite, nous avons pu mettre en évidence que la NCp7 favorisait la formation de l'homodimère de mutants de la partie haute de cTAR par formation d'un complexe boucle-boucle. Finalement, nous avons étudié une nouvelle sonde fluorescente analogue à l'adénine (la 8-vinyl-déoxyadénosine) qui est une solution alternative à la 2-aminopurine.

NCp7 is implied in many stages of the viral cycle in particular the retrotranscription. This makes NCp7 a potential target for an anti-HIV treatment. By its chaperone activity, it stimulates the first strand-transfer. It consists of the destabilization and hybridization of the TAR and cTAR sequences of the viral genome. It is by using cTAR sequence labelled to their 3' and 5' ends and various techniques of fluorescence spectroscopy and absorption that we could highlight the importance of the primary and secondary structures of NCp7 and cTAR in the first strand-transfer. The destabilizing activity is strongly dependent on the bulges and the internal loop of cTAR. In addition, this activity also depends on the presence of the Trp37 and on the presence of the two zinc fingers in their native form. Then, we could highlight that NCp7 supported the formation of the homodimer of the top half of cTAR by formation of a kissing complex. Finally, we studied a new fluorescent probe analogue to the deoxyadenosine (the 8-vinyl-déoxyadénosine) which is an alternative probe to the 2-aminopurine.