Mise au point d'osiris, un logiciel de prediction de la structure 3d des petites proteines globulaires

Perfecting osiris, a software to predict the 3-d structure of small globular proteins

• Auteur / Autrice : NORA BENHABILES
• Direction : Annick Thomas-Soumarmon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1998
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

Osiris est une methode de prediction ab initio de la structure tridimensionnelle des petites proteines globulaires. Elle a ete initialement publiee en 1995, les rmsd obtenus pour trois petites proteines en helice alpha, les polypeptides pancreatiques aviaire et bovin et la proteine de liaison au calcium etaient respectivement de 3,8a, 3,7a et 5,3a. Les calculs effectues sur des proteines de type beta ou mixte (alpha/beta) ne permettaient pas de reproduire les structures tridimensionnelles (3-d) natives. Nous avons donc entrepris l'optimisation de la methode. Osiris est schematiquement composee de deux grandes etapes d'exploration de la carte de ramachandran pour assigner les structures secondaires et une etape de dynamique angulaire pour tenter de compacter la structure obtenue a la fin de l'etape i. Le travail a consiste a modifier la methodologie de l'etape i et a tester les facteurs de ponderation des termes energetiques du champ de forces, pour tenter de simuler au mieux les repliement natifs de quatre proteines, les polypeptides pancreatiques aviaire et bovin la proteine de liaison au calcium et le domaine sh3 de la tyrosine kinase abl. L'optimisation, encore partielle de la premiere etape d'osiris, amene neanmoins a des resultats interessants et nous permet de mieux comprendre l'influence de certaines procedures de calculs ou de certains facteurs de ponderation sur la qualite des structures calculees.