Recherche Avancée

Thèse soutenue

Tailles et contenus en (G + C) des génomes des glomales. Complexité du génome et polymorphisme des ADN ribosomiques chez une espèce-modèle : Scutellospora Castanea

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Auteur / Autrice : Michel Hosny
Direction : Hubert Dulieu
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biochimie, biologie cellulaire et moléculaire
Date : Soutenance en 1997
Etablissement(s) : Dijon

Résumé

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Les champignons endomycorhizogènes a arbuscules (glomales, zygomycètes) sont des symbiotes racinaires obligatoires. Leur germination en conditions contrôlées est difficile ce qui limite les investigations. Ainsi, l'obtention d'un extrait fongique pur exige des précautions lors des manipulations. Nous avons mis au point une méthode permettant d'obtenir des spores pures à partir d'un tamisat de sol ; ce qui a ouvert la voie à l'expérimentation de leur génome à grande échelle. Une courbe de dénaturation (Tm) de l’ADN d'une espèce-modèle, Scutellospora Castanea, a été définie, permettant la mise en évidence d'un taux faible en G + C, égal a 32%, mais reflétant également une grande hétérogénéité de cet ADN. L'étude, par HPLC, d’ADN extrait de spores de 10 isolats de glomales a démontré une gamme de variation du contenu en G + C très faible, comprise entre 30 et 35%, avec notamment un taux assez élevé de méthylcytosine (MC), atteignant 4,26%. La cytométrie en flux a permis d'évaluer le contenu en ADN des noyaux de spores de 12 isolats de glomales, allant de 0,14 a 1,15 PG d'ADN/noyau. Un seul niveau de fluorescence a été observé et considéré comme égal a la valeur C. Cette méthode a aussi servi à évaluer le nombre de noyaux par spore de S. Castanea à 520. L’ADN de cette espèce purifié sur gradient de CSCI est composé de 8 à 10% d'ADNMT, et de deux autres fractions d’ADN nucléaire de même proportion. La courbe de réassociation de l’ADN de cette espèce a révélé 4 familles d’ADN répété, évoquant une organisation génomique assez complexe, mais surtout une longueur comparable à celle des eucaryotes supérieurs. Le nombre de copies des unités d'Adnr a été étudié chez 2 espèces ; il s'est révélé égal à 95 et 55. La construction d'une banque génomique représentative en phage embl3 a permis de rechercher des fragments d’ADN, dont la taille moyenne est voisine de 16 kb, et par la suite, de détecter du polymorphisme dans l’ADN ribosomique : tailles et unités sont différentes à l'intérieur de l'espèce. Ceci traduit sans doute un polyphylétisme (homoplasie) chez ces champignons, maintenant une hétérogénéité intra spécifique résultant probablement du mode particulier de propagation végétative de la structure cénocytique.