Recherche Avancée

Thèse soutenue

Evaluation des performances au niveau systeme d'une architecture simd appliquee a la comparaison de sequences genetiques

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Auteur / Autrice : IVAN SARAIVA SILVA
Direction : A. GREINER
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences appliquées
Date : Soutenance en 1995
Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

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Comparaison de sequences genetiques est actuellement une activite courante en biologie moleculaire. Les comparaisons dites exactes sont, le plus souvent, executees avec des algorithmes de programmation dynamique tels que les algorithmes de needleman et wunsch ou de smith et waterman. Ces algorithmes presentant cependant une complexite theorique de l'ordre de o(m. N), ou m et n sont les tailles des sequences comparees. Cette complexite, alliee au grand volume des bases de donnees genetiques, rend impossible la realisation de comparaisons exhaustives sur des machines sequentielles classiques. Cette these presente les evaluations de performance d'une nouvelle architecture parallele, simd et systolique, appliquee a la comparaison de sequences genetiques. Cette architecture se presente sous la forme d'une carte coprocesseur montee sur un bus standard (le bus pci) pour ordinateurs du type pc ou compatibles. Pour la realisation des mesures de performances et analyses presentees dans ici nous avons developpe une version parallele de l'algorithme de smith et waterman et simule son execution sur la carte coprocesseur. Les simulations ont ete executees avec un simulateur precis, au niveau du cycle, capable de prendre en compte le temps des calculs effectues par le coprocesseur et le temps des echanges de donnees geres par l'hote. L'utilisation d'un tel simulateur nous a permis aussi de generer des vecteurs de teste pour la validation d'un modele structurel vhdl de l'architecture