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Thèse soutenue

Obtention d'outils moléculaires pour la détection et la différenciation du virus de la sharka (PPV) : clonage de l'ARN génomique d'une nouvelle souche de PPV

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Auteur / Autrice : Thierry Wetzel
Direction : Jean Dune
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences
Date : Soutenance en 1991
Etablissement(s) : Bordeaux 2

Résumé

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Le Plum Pox Potyvirus (PPV) est l'agent responsable de la sharka, la maladie virale actuellement la plus grave pour les arbres fruitiers à noyau. À cause de la faible concentration et de la répartition irrégulière du virus dans les arbres infectés, des techniques de détection du virus extrêmement sensibles sont nécessaires. Un test de détection du ppv par hybridation moléculaire utilisant des sondes arnc marquées au #3#2p correspondant à des gènes codant pour des protéines virales non structurales de ppv-d ont permis une augmentation de la polyvalence du test par rapport à une sonde correspondant au gène de la protéine de capside. Ces sondes ont détecte avec une sensibilité maximale un grand nombre d'isolats de ppv a l'exception d'un isolat égyptien: PPV-e1 amar. L’ARN génomique de PPV-e1 amar a été clone et sa moitie 3 a été séquencée. Des niveaux de divergence de 20% ont été observés au niveau des acides nucléiques, 10% au niveau des acides aminés, par rapport aux séquences correspondantes de 3 autres souches de ppv, homologues à 98% entre elles. PPV-e1 amar se présente donc comme une souche atypique de PPV. Un protocole de détection du PPV par PCR, dans un seul tube s'est avère polyvalent et a démontré une plus grande sensibilité par rapport à l'hybridation moléculaire utilisant des sondes arnc radiomarquées. Un protocole modifie de pcr par l'introduction d'une étape préalable d'immun capture du virus (IC/PCR), a permis d'augmenter la sensibilité de 100 fois, 250 fois et 2000 fois par rapport à la PCR, l'hybridation moléculaire et le test Elisa respectivement