Suite à son introduction à la fin des années 1960, l’huître creuse du Pacifique (Crassostrea gigas) est rapidement devenue une des espèces majeures de la conchyliculture en France et en Europe. Le développement de la production de naissain en écloseries a notamment permis d’initier la triploïdisation et des programmes d’amélioration génétique, par la sélection massale ou familiale avec l’appui du SYSAAF. Les outils génomiques ouvrent aujourd’hui de nouvelles méthodes visant à optimiser cette amélioration par la sélection génomique (SG). Ainsi, un puce contenant 40K marqueurs SNP a été utilisée pour génotyper des huîtres issues de 3 populations permettant de retenir environ 12K SNP informatif dans chacune d'entre elles. Cela a permis d’étudier leur diversité, leur structure génétique, et d’estimer l’intérêt d’une sélection génomique pour différents caractères. Nous avons estimé les tailles efficaces de ces populations (de 59 à 107), le déséquilibre de liaison entre les marqueurs successifs (r²~0,10), et les héritabilités de différents caractères (entre 0,04 et 0,69) : croissance, de rendement en chair, de couleur de la coquille, résistance à OsHV-1 et/ou à Vibrio aestuarianus. Selon nos estimations, la SG présente une efficacité supérieure de 6 à 60% par rapport à une sélection sur pedigree pour l’ensemble de ces caractères étudiés. Ces caractères sont en effet très polygéniques et seuls quelques QTL associés à la couleur et à la résistance aux maladies ont pu être identifiés. Des voies d’optimisation des programmes de sélection génomique de C. gigas, en cours dans les écloseries françaises adhérentes du SYSAAF, sont ainsi proposées.