Fine-scale genetic population structure in France

par Joanna Giemza

Thèse de doctorat en Biologie, médecine et santé

Sous la direction de Richard Redon, Christian Dina et de Géraldine Jean.

Soutenue le 07-05-2019

à Nantes , dans le cadre de École doctorale Biologie-Santé Nantes-Angers , en partenariat avec Université Bretagne Loire (COMUE) et de Laboratoire des sciences du numérique de Nantes (laboratoire) .

Le président du jury était Michaël Blum.

Le jury était composé de Evelyne Heyer, James F. Wilson.

  • Titre traduit

    La structure génétique à fine échelle de population en France


  • Résumé

    La structure génétique à fine échelle des populations humaines est intéressante pour deux raisons principales : 1) elle reflète des événements historiques et démographiques, 2) elle informe la recherche sur les études d’association de maladies. Cette thèse a pour objectif de procéder à une analyse approfondie de la structure génétique de la population de France métropolitaine dans un premier temps, en de façon plus détaillée de la population du nord-ouest de la France, et de mettre en lumière les événements historiques, démographiques et culturels qui l’ont façonnés, en tirant parti de trois jeux de données (SU.VI.MAX/3C et PREGO). Au niveau de la France, nous rapportons la corrélation entre les données génétiques et les lieux de naissance d’individus appartenant à deux cohortes françaises indépendantes (1 414 et 770 individus) et identifions six groupes, concordants entre les jeux de données. La deuxième étude tire parti de la cohorte PREGO, qui comprend 3 234 personnes ayant trois générations d’ascendance liée à des régions spécifiques du nord-ouest de la France. Je révèle une structure à fine échelle à un niveau sans précédent (154 sous-populations).historique de la France et des explications potentielles de la prévalence de différentes maladies dans cette région du nord-ouest. Dans l’ensemble, mes travaux de thèse indiquent des niveaux substantiels de stratification de la population dans une région géographiquement limitée, probablement en raison de différents antécédents démographiques dans la région.


  • Résumé

    Fine-scale genetic structure in human populations is interesting for two main reasons: 1), it reflects historical and demographic events, 2) it informs research on disease association studies. This thesis aims to perform a thorough analysis of the genetic structure of the population from continental France, in particular Northwestern France, and shed light on the historical, demographic and cultural events that have shaped it, by taking advantage of three genome-wide datasets (SU.VI.MAX/3C and PREGO) At the country level we report the correlation between genetic data and birthplaces of individuals in two independent French cohorts (1,414 and 770 individuals in SU.VI.MAX and 3C, respectively) and identify six clusters, concordant between datasets, and may correspond to ancient political, cultural and geographical borders. The second study takes advantage of the PREGO cohort including 3,234 individuals with three generations of ancestry linked to specific regions of Northwestern France and reveals fine-scale structure at an unprecedented level (154 subpopulations). The resulting genetic clusters and the characterisation of their effective population size and ancestry proportions compared to other European groups provide important and novel insights into the historical peopling of France and potential explanations for different disease prevalence within this northwestern region. Overall, my thesis work indicate substantial levels of population stratification within a geographically limited region likely caused by different demographic histories across the region.


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