Pneumopathies bactériennes secondaires aux infections respiratoires virales : de l’étude expérimentale in vitro à l’analyse descriptive des données hospitalières en passant par l’étude prospective d’une cohorte de patients

par Marion Jeannoël

Thèse de doctorat en Micro-organismes, interactions, infections

Sous la direction de Michèle Ottmann et de Jean-Sébastien Casalegno.

Soutenue le 15-03-2019

à Lyon , dans le cadre de École Doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation , en partenariat avec Université Claude Bernard (Lyon) (établissement opérateur d'inscription) et de Laboratoire de Virologie et Pathologies Humaines . Virpath (laboratoire) .

Le président du jury était Florence Ader.

Le jury était composé de Michèle Ottmann, Jean-Sébastien Casalegno, Sami Hraiech, Bruno Lina.

Les rapporteurs étaient Sandrine Boisset, Béhazine Combadière.


  • Résumé

    Le virus influenza peut être responsable d’infections respiratoires sévères. Les pneumonies bactériennes post-influenza font partie des complications les plus graves et S. aureus est l’une des bactéries les plus fréquemment retrouvée dans ce contexte. L’efficacité des traitements dans ces infections graves est modérée ce qui souligne l’importance de progresser dans la compréhension de la physiopathologie de ces infections graves. Une réponse immunitaire inadéquate (soit excessive, soit trop faible) à l’infection pulmonaire joue un rôle considérable dans la gravité du tableau clinique et le pronostic du patient. Nous avons montré que le virus influenza potentialise l’inflammation et la cytotoxicité engendrée par des facteurs de virulence de S. aureus dans des monocytes isolés de témoins sains. Cependant l’étude du système immunitaire de patients hospitalisés pour grippe grave, a montré qu’au lieu d’être dans un état d’activation massive, il était en phase d’anergie et possédait une altération de la réponse immunitaire fonctionnelle en cas d’exposition à des facteurs de virulence de S. aureus. L’immunomonitoring de ces patients au pronostic sévère, qui permet la détermination de l’état pro- ou anti-inflammatoire dans lequel se trouve le patient pourrait participer à l’amélioration de la prise en charge de ces patients en permettant l’utilisation de traitements immunomodulateurs adaptés à la situation clinique de chaque patient. Cette problématique peut être étendue à d’autres co-infections virus bactérie et notamment au VRS. Nous avons étudié l’épidémiologie des co-infections VRS/bactérie chez l’adulte dans le contexte d’une pneumonie et nous avons observé qu’elle était similaire à celle des co-infections influenza bactérie. Cette connaissance de l’épidémiologie est importante afin d’adapter la prise en charge des patients

  • Titre traduit

    Post-viral bacterial pneumonia : from in vitro experimental study to descriptive analysis of hospital data and prospective study of a cohort of patients


  • Résumé

    Post-influenza bacterial pneumonia is a leading cause of morbidity and mortality with severe influenza virus illness. Staphylococcus aureus is one of the most common pathogen found in this context. The severity of post-influenza Staphylococcus aureus pneumonia is due both to an inadequate responsiveness of the immune system (either too important or too weak) and to the weak efficacy of treatments used during these severe infections. A better knowledge of the pathophysiology of influenza/S. aureus co-infection is needed in order to improve patients care. In this study, we showed using in vitro experiments that influenza virus increased the inflammation and cytotoxicity induced by S. aureus virulence factors in human monocytes. However ex vivo experiments performed on leucocytes isolated from hospitalized patients with severe influenza showed an anergy of the immune system after exposition to S. aureus virulence factors. Immunomonitoring of patients with severe post-influenza Staphylococcus aureus pneumonia may allow to optimize the therapeutic regimen towards a more individualized immunomodulatory therapy. This can be extended to other viral bacterial co-infections including RSV. We studied the epidemiology of bacterial superinfections associated with RSV pneumonia in adults. Our results suggested that there was no main differences between the microbiological epidemiology of RSV/bacterial co-infections and influenza/bacterial co-infections. Knowledge of this epidemiology is important to assess to improve patients care


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