Dans cette thèse, nous nous intéressons aux questions de l’hétérogénéité inobservée et des solutions en coin dans les modèles de choix d’assolements. Pour répondre à ces questions, nous nous appuyons sur un modèle de choix de production multicultures avec choix d’assolement de forme NMNL, dont nous proposons des extensions. Ces extensions conduisent à des problèmes spécifiques d’estimation, auxquels nous apportons des solutions. La question de l’hétérogénéité inobservée est traitée en considérant une spécification à paramètres aléatoires. Ceci nous permet de tenir compte des effets de l’hétérogénéité inobservée sur l’ensemble des paramètres du modèle. Nous montrons que les versions stochastiques de l’algorithme EM sont particulièrement adaptées pour estimer ce type de modèle.Nos résultats d’estimation et de simulation montrent que les agriculteurs réagissent de façon hétérogène aux incitations économiques et que ne pas tenir compte de cette hétérogénéité peut conduire à des effets simulés de politiques publique biaisés.Pour tenir compte des solutions en coin dans les choix d’assolement, nous proposons une modélisation basée sur les modèles à changement de régime endogène avec coûts fixes associés aux régimes. Contrairement aux approches basées sur des systèmes de régression censurées, notre modèle est cohérent d’un point de vue micro-économique. Nos résultats montrent que les coûts fixes associés aux régimes jouent un rôle important dans le choix des agriculteurs de produire ou non certaines cultures et qu’ils constituent, à court terme, un déterminant important des c