Caractérisation des mécanismes d'altération des produits camés et de la mer par Brochothrix thermosphacta
Auteur / Autrice : | Nassima Illikoud |
Direction : | Monique Zagorec, Emmanuel Jaffrès |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 09/07/2018 |
Etablissement(s) : | Nantes |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022) |
Partenaire(s) de recherche : | COMUE : Université Bretagne Loire (2016-2019) |
Jury : | Président / Présidente : Michel Dion |
Examinateurs / Examinatrices : Anne-Marie Junelles | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Christophe Chassard, Marie-Christine Champomier-Vergès |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
L.altération microbiologique des aliments entraîne des pertes économiques considérables. Elle résulte du développement et du métabolisme de microorganismes produisant des odeurs, flaveurs, textures ou des couleurs indésirables. Brochothrix thermosphacta, est l’une des principales bactéries d.altération des produits carnés et de la mer. Elle produit des métabolites responsables d.odeurs désagréables, variant suivant les souches, les aliments et les communautés bactériennes qui l’entourent. Nous avons évalué sa diversité génétique et phénotypique au sein d.une collection de souches issues de diverses origines écologiques. Différentes méthodes ont discriminé les souches en groupes distincts, révélant une diversité significative. Cependant, celle-ci n’est pas liée à l’environnement dont les souches ont été isolées. Quatre souches représentatives de cette diversité ont été analysées par génomique comparative. Le contenu génomique est similaire, les différences résidant dans le contenu en phages et/ou plasmides et en composants de surface qui peuvent contribuer à leur adaptation écologique. Des mutations ponctuelles peuvent être responsables des différentes capacités à produire des molécules d’altération. Une étude transcriptomique a montré que les gènes différentiellement exprimés lors de la croissance sur une matrice viande ou produit de la mer codent des fonctions importantes pour la croissance et la survie sur ces niches spécifiques. L’analyse du volatilome a montré que B. thermosphacta produit différentes molécules responsables d.odeurs désagréables qui varient suivant la matrice. Par conséquent, nous avons montré un effet matrice plutôt qu’un effet souche sur le potentiel d’altération de B. thermosphacta.