Les ilôts de résistance de type SGI1 (Salmonella Genomic Island 1) et apparentés dans des souches humaines cliniques de Porteus mirabilis et Salmonella enterica

par Claire Goulard de Curraize

Thèse de doctorat en Médecine, microbiologie et maladies transmissibles

Sous la direction de Catherine Neuwirth.

Soutenue le 01-12-2017

à Bourgogne Franche-Comté , dans le cadre de École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....) , en partenariat avec Laboratoire chrono-environnement (Besançon) (laboratoire) , Laboratoire Chrono-environnement (laboratoire) et de Université de Franche-Comté (Site de préparation) .


  • Résumé

    Salmonella genomic island 1 (SGI1) est un élément intégratif mobilisable décrit pour la 1ère fois dans un clone penta-résistant de Salmonella Typhimurium DT104. Depuis, plusieurs variants et îlots apparentés (Proteus genomic island 1 (PGI1)) ont été rapportés dans différents sérotypes de Salmonella enterica et chez Proteus mirabilis. Ces îlots de résistance sont constitués d’un squelette plutôt stable et d’une région de multirésistance (MDR) variable. L’objectif de cette thèse était d’étudier ces îlots dans des souches cliniques de P. mirabilis (CHU de Dijon et Lariboisière à Paris) et de S. enterica (CHU de Dijon). La prévalence de ces îlots variait de 5 à 16% chez P. mirabilis ayant acquis au moins une résistance. L’étude génotypique a montré une grande diversité des souches mais également la présence de quelques clones porteurs de SGI1 ou PGI1. Le séquençage de ces îlots a mis en évidence la grande plasticité des régions MDR souvent en lien avec des mouvements d’IS26. Ces dernières permettent à la région MDR de s’enrichir en nouveaux gènes de résistance (ex : blaCTX-M-15) présents dans des structures antérieurement décrites sur des plasmides de clones d’entérobactéries répandus. De nombreuses espèces d’entérobactéries porteuses d’un plasmide IncA/C sont capables d’acquérir par conjugaison un îlot provenant d’une autre entérobactérie. Cet îlot s’intègre alors au niveau du site chromosomique spécifique (trmE). Sous pression antibiotique et en présence d’un plasmide IncA/C, les souches peuvent être complètement excisées de leur îlot. Ainsi, ces îlots sont des interfaces de résistance à la fois stables mais aussi dynamiques favorisant la dissémination des gènes de résistance. Une virulence accrue par la présence de ces îlots chez S. enterica n’a pas pu être confirmée ni dans le modèle d’infection expérimentale de C. elegans, ni dans une étude rétrospective chez l’homme (prévalence de 12%). En revanche, P. mirabilis avait tendance à être plus pathogène chez C. elegans lorsqu’il était porteur d’un îlot

  • Titre traduit

    Salmonella Genomic Island 1 (SGI1) and relative genomic islands from clinical Proteus mirabilis and Salmonella enterica isolates


  • Résumé

    Salmonella genomic island (SGI1) is an integrative mobilizable element initially described in an epidemic multidrug-resistant Salmonella Typhimurium DT104. Since this first report, many variants and related genomic islands (Proteus genomic island 1 (PGI1)) have been described among Salmonella enterica serovars and in Proteus mirabilis. These islands have a stable backbone and a highly variable multidrug-resistant (MDR) region. The objective of this work was to study SGI1 from clinical P. mirabilis isolates (University hospitals of Dijon and Lariboisière - Paris) and S. enterica (University hospital of Dijon) The prevalence of these islands ranged from 5% to 16% in P. mirabilis with at least one acquired resistance. The genotypic analysis revealed a wide diversity among isolates but also the presence of some clonal isolates harbouring SGI1 or PGI1. Genomic island sequencing revealed the great plasticity of MDR regions, primarily mediated by IS26. Thanks to IS26 movements, the MDR region gains resistance genes (such as blaCTX-M-15) present in structures initially detected in plasmids from widely distributed Enterobacteriaceae. Many species of Enterobacteriaceae that harbour IncA/C plasmids are able to acquire islands by conjugation. These islands are then incorporated into specific sites on the chromosome (trmE). They could also be completely excised from Enterobacteriaceae under antibiotic pressure in the presence of an IncA/C plasmid. Genomic islands should be regarded on the one hand as a steady interface of resistance and on the other hand as a dynamic interface conveying resistance genes. Finally, SGI1 of S. enterica was not found to increase virulence in a Caenorhabditis elegans model or in a retrospective clinical study (12% of prevalence). However, it seems that P. mirabilis becomes more virulent when it harbours SGI1 in Caenorhabditis elegans



Le texte intégral de cette thèse sera accessible librement à partir du 01-12-2019

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