Functional study of the coactivator SAGA : role in RNA Polymerase II transcription

par Tiago Fidalgo Baptista

Thèse de doctorat en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Sous la direction de Didier Devys.

Le président du jury était David Shore.

Le jury était composé de Julie Soutourina, Thomas L. Sexton.

Les rapporteurs étaient David Shore, Ferenc Mueller.

  • Titre traduit

    Étude fonctionelle du coactivateur SAGA : rôle global dans la transcription par l’ARN Polymérase II


  • Résumé

    Des études antérieures suggèrent que les complexes SAGA et TFIID sont des facteurs jouant un rôle complémentaire dans la transcription par l’ARN polymérase II. Chez S. cerevisiae, environ 10% des gènes semblent dépendants de SAGA alors que TFIID aurait un rôle dominant sur 90% du génome. De nouvelles approches m’ont permis de montrer que SAGA est recruté sur les régions régulatrices d’une majorité de gènes, indépendamment de leur classification. Des analyses d’ARN nouvellement-synthétisés ont également démontré que l’inactivation des complexes SAGA ou TFIID, par mutation ou déplétion inductible de leurs sous-unités, altèrent la transcription de pratiquement tous les gènes par l’ARN polymérase II. L’acétyltransférase Gcn5 et la sous-unité Spt3 agissent de façon synergique au sein du complexe SAGA pour stimuler le recrutement de TBP et la transcription par l’ARN polymérase II. Ces données indiquent que les complexes SAGA et TFIID agissent comme des cofacteurs généraux, étant nécessaires pour la synthèse de quasiment tous les ARNm et ayant des effets équivalents sur les gènes précédemment décrits comme dominés par SAGA ou par TFIID.


  • Résumé

    Prior studies suggested that SAGA and TFIID are alternative factors that promote RNA polymerase II (RNA Pol II) transcription with about 10% of genes in S. cerevisiae dependent on SAGA. The remainder 90% of the genome would be regulated by TFIID. We reassessed the role of SAGA by mapping its genome-wide location and role in global transcription in budding yeast. We observed that SAGA maps to regulatory elements of most genes, irrespective of previous designations of SAGA- or TFIID-dominated genes. Additionally, disruption of either SAGA or TFIID through mutation or rapid subunit depletion reduces transcription from nearly all genes, measured by newly-synthesized RNA or RNA Pol II chromatin immunoprecipitation. We also found that the acetyltransferase Gcn5 synergizes with Spt3 to promote global transcription and that Spt3 functions to stimulate TBP recruitment at all tested genes. Our data demonstrate that both SAGA and TFIID act as general cofactors required for essentially all RNA Pol II transcription and is not consistent with the previous classification of SAGA- and TFIID-dominated genes.


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