Analysing the effect of industrial and urban polluted zones on microbial diversity in the SaiGon -DongNai river system (Vietnam)

par Thi Tuyet Nga Nguyen

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Michael Dubow.

Le président du jury était Jacqui Shykoff.

Le jury était composé de Michael Dubow, Jacqui Shykoff, Dominique Schneider, Marie-Claire Lett, Jean-Luc Jung.

Les rapporteurs étaient Dominique Schneider, Marie-Claire Lett.

  • Titre traduit

    Etude de l'impact de zones industrielles et urbaines polluées sur la biodiversité du système de la rivière SaiGon - DongNai (Vietnam)


  • Résumé

    Le système fluvial Saigon-Dong Nai (SG- DN) est la plus importante source d'eau pour les douze villes et provinces du sud du Vietnam. Il est aujourd'hui gravement pollué par les activités humaines, agricoles, industrielles et domestiques, constituant une menace pour la vie de millions de personnes. Le ministère vietnamien des Ressources naturelles et de l'environnement a rapporté que les rivières ont reçu environ 1,54 milliard de litres d'eaux usées provenant de 70 parcs industriels par jour, dont 35% de déchets médicaux non traités, et que des tests effectués depuis 2006 ont montré des niveaux élevés de pollution, en particulier de substances toxiques organiques. Jusqu'à présent, il n'y a pas de données sur la diversité microbienne dans le système fluvial SG-DN, en particulier dans les sédiments, où la plus grande partie de la biomasse microbienne est généralement localisée. Les échantillons de sédiments ont été recueillis, réseau hydrographique national SG-DN, à 13 endroits dans les rivières représentant des emplacements pollués. Afin de caractériser les populations microbiennes présentes sur nos sites choisis, l'ADN total des échantillons environnementaux a été extrait et amplifié dans les régions V3 à V1 de l'ADNr 16S. L'étude a révélé que la population microbienne changeait de l'amont vers l'aval au niveau du phylum, du genre et de l'OTU après avoir traversé la zone de population industrielle et dense. De plus, les canaux du bassin versant SG-DN sont fortement pollués par de fortes concentrations de composés organiques (PAH) et possèdent différentes communautés bactériennes par rapport aux échantillons des rivières.


  • Résumé

    The SaiGon-DongNai (SG-DN)river system is the most important major water source for all twelve Southern Vietnam cities and provinces and is now dramatically polluted by industrial and living activities, giving “a threat” to the lives of millions people sharing this water source. The Ministry of Natural Resources and Environment of Vietnam reported that the rivers received around 1.54 billion liters of waste water from 70 industrial parks per day, including 35 percent of untreated medical waste, and tests since 2006 have found pollution in this river has increased to “serious levels”, an especially high concentration of organic toxic substances. Until now, there is no data on the microbial diversity in SG-DN river system especially in the sediments, where most of the microbial biomass is generally located. The sediment samples were collected in 13 locations across the rivers representing warning polluted locations done by Mr. Nguyen Thanh Hung of the National Water Qualifying in SG-DN river system. In order to characterize the microbial populations present at our chosen sites, the total DNA from the environmental samples were extracted and amplified at the V3 to V1 regions of the 16S rDNA. The study revealed that microbial population changed from upstream to downstream at the phylum, genus and OTUs levels after running through the industrial and dense population zone. Moreover, the canals of the SG-DN river catchment are heavily polluted with high concentrations of organic compounds (PAHs) and possessed different bacterial communities compared to the samples from the rivers.


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