Diversité fonctionnelle des rhizobia associés à la féverole en agro-écosystème Sud de France

par Odile Domergue

Thèse de doctorat en Ecologie microbienne

Sous la direction de Thierry Dupressoir.

Le président du jury était Philippe de Lajudie.

Le jury était composé de Thierry Dupressoir, Philippe de Lajudie, Vincent Vadez, Philippe Hinsinger, Mireille Rossel, Hervé Sentenac.

Les rapporteurs étaient Vincent Vadez, Philippe Hinsinger.


  • Résumé

    L’aptitude des symbioses rhizobium-légumineuses à fixer l’azote atmosphérique, peut offrir d’importants services aux agro-écosystèmes. Cependant, associés à des contraintes biotiques (i) absence et/ou (ii) inefficacité symbiotique des rhizobiums du sol, des facteurs abiotiques (i) excès d’intrants azotés et/ou (ii) carences en phosphore (P) peuvent limiter la fixation symbiotique d’azote (FSN). Le Myo-inositol hexakisphosphate (phytate), principale composante de P organique (Po) du sol, représente une potentielle source de P disponible du sol, bio-disponible pour la plante, en lien à des activités phytases microbiennes, minéralisatrices du phytate. Afin de rechercher des rhizobiums, symbiontes de Vicia faba, efficaces dans l’utilisation du P (EUP) pour la FSN, nous avons réalisé un diagnostic nodulaire multilocalisé, en agro-écosystèmes sud de France. Le niveau d’efficacité d’utilisation de la symbiose rhizobienne (EUSR), en intra- et inter-placettes agricoles et en conditions hydroaéroponiques en serre, a été déterminé en corrélation des biomasses aériennes et nodulaires de plants de V. faba, à floraison. Parmi 59 isolats de V. faba, 26 sont aptes à minéraliser le phytate (Phy +), en milieu solide et six d'entre eux confirment une activité phytase, en culture liquide. L’intérêt d’une sélection de rhizobiums locaux aptes à une EUP pour FSN, nous a conduits à une avancée dans la sélection de marqueurs moléculaires phytases pour le criblage d’isolats rhizobiens Phy+. Mots ClésRhizobium, diversité, phytase, féverole, Vicia faba, nodulation, France-sud, agro-écosystème.

  • Titre traduit

    Functional diversity of Faba-bean associated rhizobia in agro-ecosystem of South of France


  • Résumé

    The ability of rhizobium-legume symbiosis to fix atmospheric nitrogen can provide important services to agro-ecosystems. However, associated with biotic constraints (i) missing and/or (ii) phosphorus (P) deficiency, can limit symbiotic nitrogen fixation (SNF). Myo-inositol hexakisphosphate (phytate), the main soil organic P (Po) component, represents a potential source of soil P available for plant P bio-availability, connected with microbial phytate-mineralizing activities. In order to look for rhizobium-Vicia faba, in P use efficiency (PUE) for SNF ability, nodular diagnosis was performed from a multi-location survey in an agro-ecosystem in South France. The efficiency in use of rhizobial symbiosis (EURS) was deduced from V. faba nodule and shoot dry weight values at flowering state, and compared in intra- and inter agricultural fields and in greenhouse hydroaeroponic conditions. Among 59 V. faba isolates, 26 were able to mineralize phytate (Phy+) in solid medium and six of them confirmed phytase activity in liquid culture. Looking for local rhizobiums with PUE for SNF ability, led us to a forward step in molecular marker selection for Phy+ rhizobium isolate screening. KeywordsRhizobium, diversity, phytase, faba-bean, Vicia faba, nodulation, South-France, agro-ecosystem.


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