Thèse soutenue

Etudes structurales et fonctionnelles de canaux ioniques pentamériques liés à des ligands provenant de bactéries
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Auteur / Autrice : Haidai Hu
Direction : Marc Delarue
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie structurale
Date : Soutenance le 15/12/2017
Etablissement(s) : Paris 6
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Complexité du vivant (Paris)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut Pasteur (Paris). Dynamique structurale des macromolécules (2006-....)
Jury : Président / Présidente : Catherine Venien-Bryan
Examinateurs / Examinatrices : Jérôme Hénin, Pierre Legrand
Rapporteurs / Rapporteuses : Daniel Picot, Nicolas Reyes

Résumé

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Les canaux ioniques pentamériques activables par un ligand (pLGIC) sont l'une des principales familles de canaux transmembranaires. Ils permettent la transduction rapide du signal dans le système nerveux central et périphérique via la liaison de neurotransmetteurs. Les pLGIC sont également présents chez les archées et les bactéries. Seuls deux pLGIC bactériens ont été caractérisés biochimiquement et structurellement jusqu'à présent (GLIC et ELIC). Ils servent de modèle d’étude à de nombreux scientifiques et ont été largement étudiés aussi bien au niveau fonctionnel que structural. Dans la première partie de mon travail de thèse, j'ai purifié, cristallisé et résolu la structure cristalline d'un nouveau pLGIC originaire d'un symbiote de gamma-protéobactérie de Tevnia jerichonana (sTeLIC). Des expériences fonctionnelles montrent que sTeLIC est activé par un pH alcalin, est sélectif pour les ions cationiques monovalents et inhibé par les cations divalents. La structure cristalline résolue à pH 8,0 présente un pore largement ouvert qui est le premier de ce type à être caractérisé dans cette famille pLGIC. De plus, nous avons identifié un modulateur fortement positif qui se lie au "site vestibulaire" dans le domaine extracellulaire, et nous avons résolu la structure cristalline de ce complexe. Des expériences fonctionnelles montrent également que sTeLIC partage de nombreuses fonctionnalités avec ELIC. ELIC et sTeLIC constitutent les archétypes d’une nouvelle classe de pLGICs, dont la forme active se caractérise par un pore largement plus ouvert que les autres pLGICs.Dans la deuxième partie de mon travail de thèse, les résidus senseurs de protons dans GLIC ont été cartographiés, afin de déterminer comment la liaison du proton stabilise l'état ouvert de GLIC. Tous les résidus titrables de GLIC ont été cartographiés par mutagenèse dirigée afin de découvrir des capteurs de protons impliqués dans le processus de déclenchement. Nous avons ainsi démontré que la résidu E35 est un résidu clé, dont la forme chargée stabilise l’état de repos, et la forme protonée l'état actif. Nous avons également démontré que la réponse au proton dépend de deux réseaux distincts à l'interface ECD-TMD qui stabilisent l'état ouvert de GLIC. Dans la troisième partie, j'ai cloné, purifié, cristallisé et déterminé les structures cristallines des formes ouvertes et fermées de DeCLIC, un pLGIC de la protéobactérie Desulfofustis. Chaque sous-unité contient un grand domaine additionnel N-terminal constitué de deux sous-domaines (NTD1 et NTD2). Il s’agit de la première structure d’un pLGIC qui contient un domaine supplémentaire extracellulaire non-canonique.