Utilisation d'un panel SNPs très basse densité dans les populations en sélection de petits ruminants

par Jérôme Raoul

Thèse de doctorat en Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sous la direction de Jean-Michel Elsen.

Soutenue le 28-11-2017

à Toulouse, INPT , dans le cadre de École doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (Toulouse) , en partenariat avec Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (Castanet Tolosan, Haute-Garonne) (laboratoire) .

Le président du jury était Catherine Larzul.

Le jury était composé de Jean-Michel Elsen, Frédéric Farnir, Rodolfo Juan Carlos Cantet, Florence Phocas.

Les rapporteurs étaient Frédéric Farnir, Rodolfo Juan Carlos Cantet.

mots clés

• Programmes de sélection
• Modélisation déterministe et stochastique
• Gain génétique
• Petits ruminants
• Génétique animale -- Amélioration génétique
• Ruminants
• Élevage sélectif
• Modèles mathématiques

Résumé

Les programmes de sélection visent à produire des reproducteurs de bonnes valeurs génétiques pour la filière. La connaissance de marqueurs moléculaires du génome des individus et de mutations d’intérêt ouvrent des perspectives en termes d’organisation de la sélection. A l’aide de simulations déterministes et stochastiques, l’intérêt technique et économique de l’utilisation d’un panel de marqueurs moléculaires très basse densité a été évalué dans les populations ovines et caprines en sélection et permis d’obtenir les résultats suivants : i) utiliser un tel panel pour accroître, quand elle est limitée, la quantité de filiations paternelles n’est pas toujours rentable, ii) la stratégie de gestion des gènes d’ovulation qui maximise la rentabilité économique du plan de sélection a été déterminée par optimisation et des stratégies simples à implémenter, qui donnent des rentabilités proches de la rentabilité maximale, ont été proposées, iii) un programme de sélection génomique basé sur un panel très basse densité, permet à coût constant une efficacité supérieure aux programmes basés actuellement sur le testage sur descendance des mâles.

mots clés

• Breeding programs
• Deterministic and stochastic model
• Genetic gain
• Small ruminants

Titre traduit

Use of a very low density SNPs panel for small ruminant breeding programs

Résumé

Breeding programs aim to transfer high genetic value breeding stock to the industry. The knowledge of molecular markers of individual’s genome and causal mutations allow to conceive new breeding program designs. Based on deterministic and stochastic simulations, the technical and economic benefits of using a very low density molecular markers panel were assessed in sheep and goat populations. Following results were obtained: i) using such a panel to increase female paternal filiations in case of incomplete pedigree is not always profitable, ii) a method of optimization has been used to derive the maximal profits of managing ovulation genes, and practical management giving profits close to the maximal profits have been determined, iii) at similar cost, a genomic design based on a very low density panel is more efficient than the current design based on progeny testing.