Développement de modèles spécifiques aux séquences génomique virales

par Louise-Amelie Schmitt

Thèse de doctorat en Informatique

Sous la direction de Guillaume Blin.

Soutenue le 19-07-2017

à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale de mathématiques et informatique (Talence, Gironde) , en partenariat avec Laboratoire bordelais de recherche en informatique (équipe de recherche) et de Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (laboratoire) .

Le président du jury était Guillaume Blin.

Le jury était composé de Marie Beurton-Aimar.

Les rapporteurs étaient Christine Gaspin, Pierre Peterlongo.


  • Résumé

    Le séquençage ADN d'échantillons complexes contenant plusieurs espèces est une technique de choix pour étudier le paysage viral d'un milieu donné. Or les génomes viraux sont difficiles à identifier, de par leur extrême variabilité et la relation étroite qu'ils entretiennent avec leurs hôtes. Nous proposons de nouvelles pistes de recherche pour apporter une solution spécifique aux séquences virales afin de répondre au besoin d'identification pour lequel les solutions génériques existantes n'apportent pas de réponse satisfaisante.

  • Titre traduit

    Developing viral genomic data-specific classification models


  • Résumé

    DNA sequencing of complex samples containing various living species is a choice approach to study the viral landscape of a given environment. Viral genomes are hard to identify due to their extreme variability and the tight relationship they have with their hosts. We hereby provide new leads for the development of a virusesspecific solution to the need for accurate identification that hasn't found a satisfactory solution in the existing universal software so far.


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