Etudes structurales de fragments d'anticorps d'intérêt thérapeutique et biotechnologique

par Jennifer Roche

Thèse de doctorat en Biochimie structurale

Sous la direction de Alain Roussel.

Le président du jury était James N. Sturgis.

Le jury était composé de Laurent Gauthier, Julie Menetrey.

Les rapporteurs étaient Marie-Hélène Ledu, Jean-Luc Ferrer.


  • Résumé

    Les anticorps sont des molécules de reconnaissance du non-soi permettant de distinguer spécifiquement des marqueurs antigéniques appelés épitopes. Deux types d’anticorps ont été découverts jusqu’à présents : les anticorps « classiques » et les anticorps de camélidés, également appelés nanobody. Cette thèse porte sur des études structurales de fragments d’anticorps d’intérêt thérapeutique et biotechnologique. Au cours d’un premier volet, j’ai résolu la structure par cristallographie aux rayons X du fragment d’un anticorps d’intérêt thérapeutique, MIC12, à une résolution de 1,5 Å. Dans le but de résoudre la structure des complexes de MIC12 avec des protéines homologues du CMH de classe I, j’ai obtenu des cristaux diffractant à une résolution allant jusqu’à 7 Å. En parallèle, des analyses par diffusion de rayons X aux petits angles (SAXS) combinées à des prédictions d’interaction par docking ont été conduites afin d’obtenir une première description de la région globale d’interaction de MIC12 sur l’une de ses cibles. Concernant le second volet, 4 nanobody ont été obtenus contre la protéine périplasmique PorM (pPorM) du système de sécrétion de type 9 de Porphyromonas gingivalis. J’ai résolu la structure par cristallographie du nanobody nb02, à une résolution de 1,5 Å. Leur utilisation comme chaperonne de cristallisation m’a permis de résoudre la structure de la partie N-terminale de pPorM. J’ai également mené une étude par SAXS de la protéine pPorM entière. L’ensemble des résultats que j’ai obtenu par cristallographie et par SAXS, combinés aux résolutions des structures des autres domaines de pPorM, ont permis de proposer un modèle structural de la protéine pPorM entière.

  • Titre traduit

    Structural studies of antibodies fragments of therapeutic and biotechnological interest


  • Résumé

    Antibodies are non-self recognition molecules wich help to specifically distinguish antigenic markers called epitopes. Two types of antibody were discovered so far: “classic” antibodies and camelid antibodies, also called nanobodies. This PhD deals with structural studies of antibodies fragments of therapeutic and biotechnological interest. During the first part, I solved the structure of the therapeutic antibody targeting homologous proteins of the MHC class I, MIC12, using X-ray crystallography at a resolution of 1.5 Å. In order to solve the structure of the complexes of MIC12 with its MIC antigens, I obtained crystals of the complexes diffracting at a resolution of up to 7 Å. In parallel, analyses by Small Angles X-ray Scattering (SAXS) combined with in silico docking predictions were led to obtain a first description of the global binding region of MIC12 on one of its targets. Concerning the second part, 4 nanobodies were obtained against the periplasmic protein PorM (pPorM) of the secretion system type 9 from Porphyromonas gingivalis. I solve the structure of the nanobody nb02, at a resolution of 1.5 Å. Their use as chaperones of crystallization helped me to solve the structure of the N-terminal part of pPorM. I also conducted a study by SAXS of the whole pPorM protein. All these results, obtained by crystallography and SAXS studies, combined with the solving of the structures of the other domains of pPorM, made it possible to propose a structural model of the entire pPorM protein.


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