Thèse soutenue

Etudes structurales de fragments d'anticorps d'intérêt thérapeutique et biotechnologique
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Auteur / Autrice : Jennifer Roche
Direction : Alain Roussel
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biochimie structurale
Date : Soutenance le 17/10/2017
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB) (Marseille)
Jury : Président / Présidente : James N. Sturgis
Examinateurs / Examinatrices : Laurent Gauthier, Julie Menetrey
Rapporteurs / Rapporteuses : Marie-Hélène Ledu, Jean-Luc Ferrer

Mots clés

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Résumé

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Les anticorps sont des molécules de reconnaissance du non-soi permettant de distinguer spécifiquement des marqueurs antigéniques appelés épitopes. Deux types d’anticorps ont été découverts jusqu’à présents : les anticorps « classiques » et les anticorps de camélidés, également appelés nanobody. Cette thèse porte sur des études structurales de fragments d’anticorps d’intérêt thérapeutique et biotechnologique. Au cours d’un premier volet, j’ai résolu la structure par cristallographie aux rayons X du fragment d’un anticorps d’intérêt thérapeutique, MIC12, à une résolution de 1,5 Å. Dans le but de résoudre la structure des complexes de MIC12 avec des protéines homologues du CMH de classe I, j’ai obtenu des cristaux diffractant à une résolution allant jusqu’à 7 Å. En parallèle, des analyses par diffusion de rayons X aux petits angles (SAXS) combinées à des prédictions d’interaction par docking ont été conduites afin d’obtenir une première description de la région globale d’interaction de MIC12 sur l’une de ses cibles. Concernant le second volet, 4 nanobody ont été obtenus contre la protéine périplasmique PorM (pPorM) du système de sécrétion de type 9 de Porphyromonas gingivalis. J’ai résolu la structure par cristallographie du nanobody nb02, à une résolution de 1,5 Å. Leur utilisation comme chaperonne de cristallisation m’a permis de résoudre la structure de la partie N-terminale de pPorM. J’ai également mené une étude par SAXS de la protéine pPorM entière. L’ensemble des résultats que j’ai obtenu par cristallographie et par SAXS, combinés aux résolutions des structures des autres domaines de pPorM, ont permis de proposer un modèle structural de la protéine pPorM entière.