Nouvelles approches pour l'analyse et la prédiction de la structure tridimensionnelle des protéines

par Yassine Ghouzam

Thèse de doctorat en Médecine. Biothérapies et biotechnologies

Sous la direction de Jean-Christophe Gelly.

Soutenue le 18-10-2016

à Sorbonne Paris Cité , dans le cadre de École doctorale Hématologie, oncogenèse et biothérapies (Paris) , en partenariat avec Biologie intégrée du globule rouge (Paris) (équipe de recherche) et de Université Paris Diderot - Paris 7 (établissement de préparation) .

Le président du jury était Olivier Taboureau.

Le jury était composé de Pascal Bonnet, David Ritchie.

Les rapporteurs étaient Isabelle Callebaut, Raphaël Guerois.


  • Résumé

    Ce travail de thèse est une étude in silico des structures tridimensionnelles des protéines, qui a fait l’objet de 5 publications scientifiques.D’une manière plus précise, les travaux s’articulent autour de trois thématiques originales et complémentaires dans le domaine de la bioinformatique structurale : la caractérisation d’un nouvel échelon de description de la structure des protéines (les unités protéiques), intermédiaire entre les structures secondaires et les domaines.Le deuxième axe de cette thèse porte sur le développement d’une nouvelle méthode de prédiction des structures protéiques, appelée ORION.Cette méthode permet une détection accrue d’homologues lointains grâce à la prise en compte de l’information structurale sous forme d’un alphabet structural (les blocs protéiques).Une seconde version améliorée a été rendue accessible à la communauté scientifique par le biais d’une interface web : http://www.dsimb.inserm.fr/ORION/.Le dernier axe de cette thèse, s’oriente autour du développement d’outils, pour la prédiction de l’orientation et l’évaluation de la membrane dans les structures de protéines membranaires effectué dans le cadre de plusieurs collaborations.Les outils développés (ANVIL et MAIDEN) ont été mise à la disposition de la communauté scientifique par le biais d’une interface web appelée OREMPRO et accessible à l’adresse suivante : http://www.dsimb.inserm.fr/OREMPRO/.

  • Titre traduit

    New strategies for protein structure analysis and prediction


  • Résumé

    This thesis deals with three complementary themes in the field of structural bioinformatics : the characterization of a new level of description of the protein structure (Protein Units) which is an intermediate level between the secondary structures and protein domains. The second part focus on the development of a new method for predicting protein structures,called ORION. It boosts the detection of remote protein homologs by taking into account thestructural information in the form of a structural alphabet (Protein Blocks). A second improved version was made available to the scientific community through a web interface : http://www.dsimb.inserm.fr/ORION/. The last part of this thesis describes the collaborative development of new tools for predicting and assessing the orientation of proteins in the membrane. The two methods developed (ANVIL and MAIDEN) were made available to the scientific community through a webinterface called OREMPRO: http: / /www.dsimb.inserm.fr/OREMPRO.

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