Contrôle de l’expression du VIH-1 par les complexes associés au facteur de transcription Iws1

par Ahmed Abdouni

Thèse de doctorat en Biologie cellulaire et moléculaire

Sous la direction de Stéphane Emiliani.

Soutenue le 17-10-2016

à Sorbonne Paris Cité , dans le cadre de École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité (Paris ; 2014-....) , en partenariat avec Université Paris Descartes (1970-2019) (établissement de préparation) .


  • Résumé

    Les traitements antirétroviraux (ARV) ont profondément amélioré l’espérance de vie des patients infectés par le VIH-1. Cependant, chez ces patients traités par ARV, le Virus de l’Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) reste présent dans les réservoirs cellulaires composés notamment de lymphocytes T CD4+ quiescents infectés de façon latente dans lesquels le provirus intégré est transcriptionellement silencieux. L’existence de ces réservoirs très stables au cours du temps et contenant des provirus réactivables compromet la possibilité d’une éradication complète du VIH-1. Le VIH-1 s’intègre préférentiellement dans les régions codantes du génome grâce à l’action de l’Intégrase virale et de son cofacteur cellulaire LEDGF/p75. Bien que la majorité des événements d’intégration se traduisent par l’expression des gènes viraux, une partie des provirus intégrés dans les lymphocytes T CD4+ activés peuvent également être inhibés transcriptionnellement. Au laboratoire, nous avons montré que LEDGF/p75 forme un complexe avec deux autres protéines cellulaires Iws1 (Interacting With Spt6) et Spt6. Ce complexe est recruté au niveau du provirus et participe à l’établissement et au maintien de la latence dans les lymphocytes T CD4+ (Gérard et al, 2015). Iws1 est une protéine qui intervient dans la régulation transcriptionnelle particulièrement au cours de la phase d’élongation de l’ARN polymérase II (ARNPII). Nos travaux indiquent que l’extinction de l’expression d’Iws1 dans des cellules infectées de manière latente induit la réactivation de l’expression virale. L’objectif de ma thèse a été de comprendre comment Iws1 participe au contrôle de l’expression du VIH-1 à la fois lors des étapes post-intégratives conduisant à la latence mais aussi au cours de la réactivation de l’expression des gènes viraux. La purification de la protéine Iws1 suivi de l’identification par spectrométrie de masse nous a permis d’identifier plusieurs de ses cofacteurs cellulaires. Parmi eux, nous avons identifié PNUTS, Tox4, Wdr82 et la protéine phosphatase 1 (PP1) qui sont les sous-unités du complexe PTW/PP1 récemment décrit comme étant impliqué dans la régulation transcriptionnelle de gènes cellulaires. Le rôle de ce complexe dans la régulation de l’expression du VIH-1 a ensuite été exploré. L’extinction de l’expression des protéines du complexe PTW aboutit à la réactivation du promoteur viral. Des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) indiquent qu’Iws1, PNUTS et Wdr82 sont présents au niveau du provirus transcriptionnellement inactif. L’activation de l’expression - 2 - virale induite par traitement au phorbol ester corrèle avec une forte augmentation du recrutement d’Iws1 et de PNUTS le long de la région codante du VIH-1 alors que la distribution de Wdr82 n’est pas affectée. Nous avons développé une lignée de cellule J-Lat dans laquelle le gène codant pour Iws1 a été invalidé (J-Lat Iws1 -/-) afin d’étudier son rôle dans le recrutement du complexe PTW/PP1. Au cours de l’activation transcriptionnelle, la déplétion d’Iws1 augmente sensiblement le recrutement de PNUTS et de l’ARNPII le long du génome viral alors que le recrutement de Wdr82 diminue dans sa région 3’. Ces travaux montrent qu’en interagissant avec le complexe PTW/PP1, Iws1 participe à la régulation transcriptionnelle du VIH-1.


  • Résumé

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