Diversité génétique et sensibilité aux antifongiques d’isolats cliniques et environnementaux de Cryptococcus à Abidjan, Côte d’Ivoire.

Genetic diversity and antifungal susceptibility of clinical and environnemental isolates of Cryptococcus in Abidjan, Ivory Coast.

• Auteur / Autrice : Kondo Kassi
• Direction : Sébastien Bertout, Eby Ignace Hervé Menan
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Soutenance le 15/12/2016
• Etablissement(s) : Montpellier en cotutelle avec Université Félix Houphouët-Boigny (Abidjan, Côte d'Ivoire)
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses / TransVIHMI
• Jury : Président / Présidente : Jacques Reynes
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Sébastien Bertout, Michèle Mallié
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : William Yavo, Frédéric Dalle

Mots clés

Mots clés contrôlés

Résistance aux antifongiques

Infections à germes opportunistes

Cryptococcus neoformans

Infections à VIH

Cryptococcose

Mots clés libres

Cryptocoque

Génotype

Sérotype

Vih

Abidjan

Côte d'Ivoire

Cryptococcal

Genotype

Serotype

Hiv

Abidjan

Ivory Coast

Résumé

La cryptococcose neuroméningée (CNM) est la seconde infection opportuniste chez les patients infectés par le VIH. Il s’agit de la 4ème cause de décès dus aux maladies infectieuses en Afrique avec une mortalité annuelle de 600.000 cas. Les levures responsables appartiennent au complexe d’espèces Cryptococcus neoformans / C. gattii. Notre étude décrit, l’épidémiologie et la résistance aux antifongiques de souches environnementales et cliniques de cryptocoques en Côte d’Ivoire. Les isolats sont issus d’une file active de 1750 PVVIH et de 667 prélèvements réalisés dans l’environnement de vie des patients. Nous démontrons une grande diversité génotypique au sein de notre cohorte, la présence de plusieurs espèces de cryptocoques dans un seul prélèvement chez un même patient ainsi que dans des prélèvements issus de suivi de patients, ce qui n’avait jamais été démontré en Afrique de l’Ouest. Nous avons constaté que la récurrence de la CNM est due à des infections multiples par des souches différentes au cours du temps. Nos résultats décrivent également pour la première fois, l’isolement de cryptocoques à partir de fientes de pigeons à Abidjan. Et nous constatons que les génotypes des isolats environnementaux et cliniques sont très différents, ce qui exclut les fientes de pigeons comme source de contamination des patients dans notre échantillon. Enfin, la majorité des isolats est sensible aux antifongiques de référence mais un patient peut être contaminé par des isolats de sensibilité différente.

Cryptococcal meningitis (CM) is the second opportunistic infection in HIV infected patients. It is the fourth cause of death due to infectious diseases in Africa with an annual mortality of 600,000. The yeasts responsible belong to the C. neoformans / Cryptococcus gattii species complex. Our study describes epidemiology and resistance to antifungal of environmental and clinical strains of Cryptococcus in Ivory Coast. The isolates are from an active list of 1,750 patients VIH positive and 667 samples taken in the living environment of patients. We demonstrate a high genotypic diversity within our cohort and the presence of several species of Cryptococcus in one sample from the same patient as well as in samples from patients follow up, which had never been shown in West Africa. We found that the recurrent cryptococcosis is caused by multiple infections by different strains over time. Our results describe also, for the first time, the isolation of Cryptococcus from pigeon droppings from Abidjan. And we notice that, as the genotypes of environmental and clinical isolates are very different, that excludes contamination of patients by pigeon droppings. Finally, most of the isolates were susceptible to reference antifungal but a patient might be contaminated by isolates with different susceptibility.