Quantification de protéines dans des matrices complexes par spectrométrie de masse : nouveaux outils et apllications

par Blandine Rougemont

Thèse de doctorat en Sciences analytiques

Sous la direction de Jérôme Lemoine et de Arnaud Salvador.

Soutenue le 01-07-2016

à Lyon , dans le cadre de École Doctorale de Chimie (Lyon) , en partenariat avec Université Claude Bernard (Lyon) (établissement opérateur d'inscription) et de Laboratoire des Sciences Analytiques. Lsa (laboratoire) .

Le président du jury était Jérôme Randon.

Le jury était composé de Christine Carapito, Catherine Manin.

Les rapporteurs étaient Virginie Brun, Olivier Laprévote.


  • Résumé

    La spectrométrie de masse en tandem est désormais une technique de choix pour l'analyse du protéome humain ou de micro-organismes. Typiquement, les protéines sont tout d'abord digérées en peptides protéotypiques, ceux-ci étant ensuite séparés par chromatographie liquide avant d'être analysés par MS/MS. L'identification et la quantification de ces peptides rapporteurs de protéines permet la mise en évidence d'un phénotype ou d'un mécanisme cellulaire particulier, dans un organisme complexe. Des approches par spectrométrie de masse ciblée et non ciblée coexistent et sont complémentaires dans l'analyse protéomique. Les travaux présentés ici se sont focalisés sur le développement de méthodes ciblées, et plus particulièrement en mode SRM, à travers deux applications chez des micro-organismes modèles. Ainsi, une première étude s'est portée sur la quantification absolue des protéines du virus chimère dengue – fièvre jaune candidat vaccin. Par l'utilisation d'une stratégie de quantification de type AQUA, nous avons pu développer, valider et transférer le dosage des quatre sérotypes du virus chimère candidat vaccin. Les problématiques soulevées à travers ce projet nous ont amené à proposer des étapes à contrôler lors du développement d'un dosage par la stratégie AQUA.Dans une seconde partie, nous nous sommes attachés à développer une analyse quantitative sans marquage de 445 protéines afin d'étudier l'infection d'un phytopathogène, Dickeya dadantii, sur une plante modèle. Afin d'assurer un transfert simple et rapide de cette analyse multiplexée, nous proposons un nouvel outil d'acquisition indépendant des temps de rétention. Cet outil développé en partenariat avec la R&D Sciex à Toronto est appelé « Scout-MRM »

  • Titre traduit

    Protein quantification in complex matrices by mass spectrometry : new tools and applications


  • Résumé

    Tandem mass spectrometry is now a technique of choice for human or micro-organisms proteome analysis. Typically, proteins are first digested into surrogates’ peptides, separated by liquid chromatography before being analyzed by MS/MS. The ultimate goal is the identification and the quantification of these peptides, belonging to proteins and highlighting a phenotype or a cellular mechanism in a complex organism. Both targeted and untargeted approaches are used and are complementary in proteomic analysis. The work presented here is focused on the development of targeted methods, and more particularly in the SRM mode, through two applications involving micro-organisms. So, the first study concerned to absolute quantification of viral proteins of the chimeric yellow-dengue fever, vaccine candidate against dengue. By using the AQUA quantification strategy, we were able to develop, to validate and to transfer the method for the four chimeric virus serotypes. Then, problems met during development process, lead us to suggest check points to verify when using AQUA strategy. In a second part, we attempted to develop a quantitative label free analysis of 445 proteins to study the infection of the phytopathogen Dickeya dadantii, on a model plant. To ensure a simple and fast transfer of this multiplex, we purpose a new acquisition tool, independent from retention time. This tool was developed in a partnership with the R&D Sciex, Toronto and is called “Scout-SRM”


Il est disponible au sein de la bibliothèque de l'établissement de soutenance.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe

Où se trouve cette thèse ?

Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.