Ecosystèmes microbiens des poissons tropicaux après abattage et incidence sur la salubrité des produits.

par Adèle Dauchy

Thèse de doctorat en Sciences agronomiques, biotechnologies agro-alimentaires

Sous la direction de Françoise Leroi et de Juliette Emilie Smith-Ravin.


  • Résumé

    Le poisson est un produit très périssable dont l’altération résulte essentiellement de la croissance bactérienne. Comparé aux régions tempérées, peu d’études portent sur le microbiote d’altération des poissons tropicaux. En Martinique, le thon jaune (Thunnus albacares) et l’ombrine ocellée (Sciaenops ocellatus) représentent des poissons d’intérêt pour les filières pêche et aquaculture. Dans le but de mieux connaître le microbiote d’altération de ces poissons, des analyses culturales et aculturales (séquençage de nouvelle génération des amplicons d’ARNr 16S, Illumina MiSeq) ont été réalisées.Une grande diversité d’espèces bactériennes a été retrouvée dans le thon et l’ombrine fraîchement pêchés (104 et 887 OTUs, respectivement) et la plupart d’entre elles sont communément isolées des poissons (Chryseobacterium, Burkholderia, Flavobacterium, Psychrobacter, Arthrobacter, Staphylococcus). Certaines, comme Ralstonia sp. et Rhodanobacter terrae, en quantité importante dans le thon frais, sont plus atypiques. Au cours de l’entreposage du thon sous-glace, Pseudomonas et Brochothrix deviennent dominants. L’emballage sous atmosphère modifiée (MAP) ou sous vide (VP) entraine clairement la sélection de Brochothrix dans un cas et d’un mélange de Brochothrix, bactéries lactiques (Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum) et d’entérobactéries (Hafnia paralvei) dans l’autre, et ne permet pas une augmentation significative de la durée de conservation. Pour les filets d’ombrine, peu de différences sont observées entre MAP et VP dont le microbiote se compose essentiellement de bactéries lactiques (Carnobacterium spp., Vagococcus spp., Lactococcus spp., Leuconostoc spp.). La durée de conservation est étendue de 15 jours par rapport au poisson entier sous air.L’inoculation de différentes espèces bactériennes dans de la chair pauci-microbienne de thon ou d’ombrine a montré que Hafnia paralvei et Serratia spp. sont les espèces les plus altérantes. Brochothrix thermosphacta et Carnobacterium spp. produisent aussi des odeurs indésirables mais de façon plus modérée. Chez Pseudomonas, les espèces ne sont pas toutes altérantes et présentent même parfois des capacités à empêcher le développement des mauvaises odeurs induites par d’autres bactéries (Pseudomonas psychrophila/fragi) et à dégrader l’histamine (Pseudomonas cedrina, Pseudomonas plecoglossicida/monteilii). En parallèle, des tests sensoriels et des dosages physico-chimiques ont également été réalisés pour comprendre les conséquences de la croissance bactérienne et identifier des indicateurs fiables pour l’évaluation du degré d’altération des produits.

  • Titre traduit

    Microbial ecosystem of tropical fish, thunnus albacares and sciaenops ocellatus, post mortem and impact on the quality of the products


  • Résumé

    Fish is a highly perishable product and spoilage is mainly due to the bacterial growth. Compared to temperate regions, few studies examined the spoilage microbiota of tropical fish. In Martinique, yellowfin tuna (Thunnus albacares) and red drum (Sciaenops ocellatus) are essential fish of fisheries and aquaculture sectors. For a better characterization of the microbial ecosystem, culture-dependent and culture-independent (next-generation sequencing of 16S rRNA amplicons, Illumina MiSeq) methods were carried out.A wide diversity of species was found in freshly caught tuna and red drum (104 and 887 OTUs, respectively) and most of them are commonly isolated from fish (Chryseobacterium, Burkholderia, Flavobacterium, Psychrobacter, Arthrobacter, Staphylococcus). Others, such as Ralstonia sp. and Rhodanobacter terrae, largely present in fresh tuna, are less familiar. During the ice-storage of tuna, Pseudomonas and Brochothrix became dominant. The modified atmosphere packaging (MAP) and vacuum packaging (VP) clearly leaded to the selection of Brochothrix in one case and to a mixture of Brochothrix, lactic acid bacteria (Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum) and enterobacteria (Hafnia paralvei) in the other case, and not conduct to a significant increase of the shelf-life. For red drum fillets, few differences were observed between MAP and VP with a microbiota essentially composed by lactic acid bacteria (Carnobacterium spp., Vagococcus spp., Lactococcus spp., Leuconostoc spp.). The shelf-life was extended by 15 days compared to the whole fish ice-stored.The inoculation of different bacterial species into the pauci-microbial flesh of tuna or red drum showed that Hafnia paralvei and Serratia spp. were the most spoiling bacteria. Brochothrix thermosphacta and Carnobacterium spp. produced more moderate undesirable odors. Among the Pseudomonas genus, not all species induced spoiling effects and some of them are even able to prevent the development of unpleasant odors from other bacteria (Pseudomonas psychrophila/fragi) and to degrade histamine (Pseudomonas cedrina, Pseudomonas plecoglossicida/monteilii).At the same time, sensory tests and physico-chemical assays were performed to understand the consequences of the bacterial growth and to identify reliable indices for the evaluation of the spoilage degree of the products.


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