Pipeline intégratif multidimensionnel d'analyse de données NGS pour l'étude du devenir cellulaire

par Mohamed Ashick Mohamed Saleem

Thèse de doctorat en Bioinformatique et biologie des systèmes

Sous la direction de Hinrich Gronemeyer.

Le président du jury était Philippe Kastner.

Le jury était composé de Philippe Kastner.

Les rapporteurs étaient Laurence Vandel, Oliver Bischof.


  • Résumé

    L'épigénomique pourrait nous aider à mieux comprendre pourquoi différents types cellulaires montrent différents comportements. Puisque, dans le cadre d'études épigénétiques, il peut êtrenécessaire de comparer plusieurs profils de séquençage, il y a un besoin urgent en nouvelles approches et nouveaux outils pour pallier aux variabilités techniques sous-jacentes. Nous avons développé NGS-QC, un système de contrôle qualité qui détermine la qualité de données et Epimetheus, un outil de normalisation d'expériences de modifications d'histones basé sur les quartiles afin de corriger les variations techniques entre les expériences. Enfin, nous avons intégré ces outils dans un pipeline d'analyse allèle-spécifique afin de comprendre le statut épigénétique de XCI dans le cancer du sein où la perte du Xi est fréquent. Notre analyse a dévoilé des perturbations dans le paysage épigénétique du X et des réactivations géniques aberrantes dans le Xi, dont celles associées au développement du cancer.

  • Titre traduit

    Multi-dimensional and integrative pipeline for NGS-based datasets to explore cell fate decisions


  • Résumé

    Epigenomics would help us understand why various cells types exhibit different behaviours. Aberrant changes in reversible epigenetic modifications observed in cancer raised focus towards epigenetic targeted therapy. As epigenetic studies may involve comparing multi-profile sequencing data, thereis an imminent need for novel approaches and tools to address underlying technical variabilities. Wehave developed NGS-QC, a QC system to infer the experimental quality of the data and Epimetheus, a quantile-based multi-profile normalization tool for histone modification datasets to correct technical variation among samples. Further, we have employed these developed tools in an allele-specific analysis to understand the epigenetic status of X chromosome inactivation in breast cancer cells where disappearance of Xi is frequent. Our analysis has revealed perturbation in epigenetic landscape of X and aberrant gene reactivation in Xi including the ones that are associated with cancer promotion.



Le texte intégral de cette thèse sera accessible librement à partir du 31-12-2016

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Strasbourg. Service commun de la documentation. Bibliothèque électronique 063.
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.