Cartographie de QTL et évaluation génomique chez la poule pondeuse dans un contexte alimentaire changeant

par Hélène Romé

Thèse de doctorat en Biologie et agronomie

Sous la direction de Pascale Le Roy.

Soutenue le 13-11-2015

à Rennes, Agrocampus Ouest , dans le cadre de VIE - AGRO - SANTE , en partenariat avec UMR Physiologie- Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage (laboratoire) .


  • Résumé

    La filière « poule pondeuse » représente un marché en pleine expansion. L’amélioration des caractères est essentielle pour satisfaire les attentes des consommateurs et des industriels. Cette amélioration est réalisée via la sélection. Actuellement, les candidats à la sélection sont évalués à partir de leur valeur génétique estimée (Estimated Breeding Value, EBV) en appliquant un modèle statistique prenant en compte l’ensemble des phénotypes disponibles sur leurs apparentés (BLUP). L’essor de nouvelle technologie permettant le génotypage à moindre coût de nombreux individus, permet d’envisager la mise en place d’une sélection génomique dans cette filière. La valeur génomique estimée (Genomic Estimated Breeding Value, GEBV) serait potentiellement plus précise que l’EBV, disponible dès la naissance de l’individu et sûrement pour un plus grand nombre de candidats, engendrant ainsi un gain de progrès génétique.Par ailleurs, un même type génétique de poule pondeuse étant largement diffusé à travers le monde, les animaux produisent dans des environnements différents (alimentation, température…). Des interactions génotype – environnement pourraient donc affecter l’estimation des valeurs génétiques des candidats à la sélection. L’objectif premier de ce travail est de préciser l’impact de celles-ci sur un panel large de caractères de production et de qualité des œufs aussi bien au niveau de leur architecture génétique qu’au niveau des évaluations. De plus, les conséquences de l’architecture génétique des caractères sur l’estimation des valeurs génétiques également ont été étudiées.

  • Titre traduit

    QTL mapping and genomic evaluation in laying hens which receive various diets.


  • Résumé

    The laying hens farming represents a growing market. The improvement of traits is needed to satisfy the willing of customers and industrials. This improvement is done with selection. Actually, (candidates for selection are evaluated according to their Estimated Breeding Value (EBV), which is estimated, using a statistic model which considers all the available phenotypes of their relative BLUP). The development of new technologies which allow the genotyping at a lower cost of numerous individuals, could allow the development of genomic selection in this farming. The Genomic Estimated Breeding Value (GEBV) could be potentially more accurate than the EBV, available at the birth of the individual and for probably a larger number of candidates, increasing the rates of genetic progress.Besides, a same genetic type of laying hens is widely distributed around the world, so animals produce in various environments ((alimentation, temperature, hygiene standards…). So, genotype – environment interactions could affect the estimation of breeding values of the candidates for selection. The first objective of this work is to determine of the impact of these interactions on a large panel of egg production and egg quality traits, as well at the genetic architecture level than at the evaluations level. Moreover, the consequences of genetic architecture of these traits on breeding value estimation have been studied.


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