Taxonomie intégrative des poissons d’eau douce de France métropolitaine

par Gaël Denys

Thèse de doctorat en Ecologie et évolution

Sous la direction de Philippe Keith et de Agnès Dettaï.

Le président du jury était Eric Feunteun.

Le jury était composé de Henri Persat, Nicolas Poulet.

Les rapporteurs étaient Paulo Marques Machado Brito, Pascal Lafaille.


  • Résumé

    La publication du catalogue des poissons d'eau douce par Kottelat et Freyhot en 2007, dans lequel 16 espèces natives supplémentaires sont listées en France, a montré l'intérêt d’une révision taxonomique de l'ichtyofaune française. L'objectif de la thèse était de réviser 5 genres de poissons d'eau douce de France selon une approche de taxonomie intégrative en utilisant des données morphologiques, moléculaires et écologiques : Squalius (chevesne), Phoxinus (vairon), Gobio (goujon), Esox (brochet) et gasterosteus (épinoche). Plus de 1700 individus provenant de 283 stations en France ont été analysés morphologiquement. Parmi eux, plus de 40 spécimens ont fait l'objet d’analyses génétiques dont pour certains le séquençage du mitogénome. Nous avons également réalisé une comparaison des robes nuptiales de vairons entre les bassins, ainsi qu'une analyse des niches occupées par les différentes espèces supposées de goujons. Les résultats confirment la présence de 2 espèces de chevesnes en France S. Cephalus et S. Laietanus. L'utilisation des données moléculaires ne valide qu'une seule espèce d’épinoche G. Aculeatus, invalidant G. Gymnurus. L'utilisation des collections a indiqué la présence de 3 espèces de brochet : E. Lucius, E. Cisalpinus et E. Aquitanicus nov sp. La comparaison des robes nuptiales corroborée par la génétique discrimine 3 espèces de vairons dont P. Phoxinus, P. Bigerri; P. Septimaniae et P. Marsilii qui serait valide, ainsi que deux espèces nouvelles. Enfin l'utilisation des données morphologiques, moléculaires, et écologiques corrobore 3 des 4 espèces de goujons (G. Gobio, G. Lozanoi et G. Occitaniae, G. Alverniae serait synonyme junior de ce dernier). Ces nouvelles données en taxonomie confirment les lacunes dans les connaissances sur l'ichtyofaune de France et ouvrent de nouvelles perspectives de recherche dans beaucoup de disciplines en biologie. Cette étude devrait être étendue à l’ensemble des taxons français.

  • Titre traduit

    Integrative taxonomy of freshwater fishes of France


  • Résumé

    The publication of the handbook of European freshwater fishes by Kottelat and Freyhof in 2007, in which the authors list 16 additional native species in France, set off e taxonomical revision of French and European ichtyofauna. The objective of the present thesis is to revise 5 genera of freshwater fisches of France in an integrative taxonomy framework using morphological, molecular and ecological data : Squalius (chub), Phoxinus (minnow), Gobio (gudgeon), Esox (pike) et gasterosteus (three-spined stickleback). More than 1700 specimens were collected in 283 locations in France, studied and analyzed morphologically, before integration in the MNHN collections. More than 460 specimens were studied genetically, including complete mitogenome sequencing for a subset. Also we compared secondary sexual ornamentation of minnows among basins as well as analysis of the niches occupied by the different gudgeon species. The results confirm the presence of two chub species in France S. Cephalus and S. Laietanus. The use of molecular data invalisates G. Gymnurus, so there is a single species of three-spined stickleback G. Aculeatus. The study of collection materials shows the presence of three pike species : E. Lucius, E. Cisalpinus and a previously undetected new species E. Aquitanicus. Secondary sexual ornamentation corroborated by sequence data discriminates 6 minnow species, including P. Phoxinus, P. Bigerri; P. Septimaniae, P. Marsilii which would be valid, as well as two new species. The use of morphological, molecular and ecological data support 3 out of the 4 gudgeon species (G. Gobio, G. Lozanoi et G. Occitaniae; G. Alverniae would be a junior synonym of G. Occitaniae). The new taxonomical data highlight the gaps in our knowledge of the French freshwater fauna. It oepns new perspectives and opportunities of research in numerous fields of biology. However this kind of in-depth study should be applied to all French taxonomic groups.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (390 p.)
  • Annexes : Bibliographie p. 249-282 (573 références)

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  • Bibliothèque : Muséum national d'histoire naturelle. Bibliothèque centrale.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : TH 2015 -- 15
  • Bibliothèque : Muséum national d'histoire naturelle. Bibliothèque d'ichtyologie.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : ZW DENYS, Gaël
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